Я хочу перенаправити друк у .txt файл за допомогою python. У мене є цикл "for", який буде "друкувати" вихід для кожного мого .bam-файлу, хоча я хочу перенаправити ВСІ ці результати на один файл. Тому я намагався поставити

 f = open('output.txt','w'); sys.stdout = f

на початку мого сценарію. Однак у файлі .txt я нічого не отримую. Мій сценарій:

#!/usr/bin/python

import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

path= '/home/xug/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    print 'Filename:', filename
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    ........print....
    ........print....

То в чому проблема? Будь-який інший спосіб, окрім цього sys.stdout?

Мені потрібно, щоб мій результат виглядав так:

Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

Найбільш очевидним способом зробити це було б надрукувати файл-об’єкт:

with open('out.txt', 'w') as f:
    print >> f, 'Filename:', filename     # Python 2.x
    print('Filename:', filename, file=f)  # Python 3.x

Однак перенаправлення stdout також працює для мене. Мабуть, добре для разового сценарію, такого як цей:

import sys

orig_stdout = sys.stdout
f = open('out.txt', 'w')
sys.stdout = f

for i in range(2):
    print 'i = ', i

sys.stdout = orig_stdout
f.close()

Ще один хороший варіант: перенаправлення зовнішньо з оболонки.

./script.py > out.txt

Інші питання:

Яке перше ім’я файлу у вашому сценарії? Я не бачу його ініціалізованим.

Моя перша здогадка полягає в тому, що глобус не знаходить жодної бамфили, і тому цикл for не працює. Перевірте, чи існує папка, і роздрукуйте bamfiles у вашому сценарії.

Також використовуйте os.path.join та os.path.basename для маніпулювання шляхами та іменами.

Ви можете перенаправити друк з >>оператором.

f = open(filename,'w')
print >>f, 'whatever'     # Python 2.x
print('whatever', file=f) # Python 3.x

У більшості випадків вам краще просто записати у файл.

f.write('whatever')

або, якщо у вас є кілька елементів, які ви хочете написати з пробілами, наприклад print:

f.write(' '.join(('whatever', str(var2), 'etc')))

Посилання API на Python 2 або Python 3 :

print(*objects, sep=' ', end='\n', file=sys.stdout, flush=False)

Аргумент файлу повинен бути об'єктом із write(string)методом; якщо його немає , або None, sys.stdoutбуде використовуватися. Оскільки надруковані аргументи перетворені в текстові рядки, print()їх не можна використовувати з об'єктами файлів бінарного режиму. Для цього використовуйте file.write(...)замість цього.

Оскільки файловий об’єкт зазвичай містить write()метод, все, що вам потрібно зробити, - це передати об’єкт файлу в його аргумент.

Написати / переписати у файл

with open('file.txt', 'w') as f:
    print('hello world', file=f)

Написати / додати до файлу

with open('file.txt', 'a') as f:
    print('hello world', file=f)

Це прекрасно працює:

import sys
sys.stdout=open("test.txt","w")
print ("hello")
sys.stdout.close()

Тепер привіт буде записано у файл test.txt. Переконайтесь, що закрийте " stdouta" close, без цього вміст не буде збережено у файлі

Не використовуйте print, не використовуйтеlogging

Ви можете змінити, sys.stdoutщоб вказати на файл, але це досить незграбний і негнучкий спосіб вирішити цю проблему. Замість використання printвикористовуйте loggingмодуль.

З logging, ви можете друкувати так, як хочете stdout, або ви також можете записати вихід у файл. Ви навіть можете використовувати різні рівні повідомлень ( critical, error, warning, info, debug), наприклад, друкувати тільки основні питання , на консоль, але все - таки увійти незначну коду дію в файл.

Простий приклад

Імпортуйте logging, отримайте loggerта встановіть рівень обробки:

import logging
logger = logging.getLogger()
logger.setLevel(logging.DEBUG) # process everything, even if everything isn't printed

Якщо ви хочете надрукувати stdout:

ch = logging.StreamHandler()
ch.setLevel(logging.INFO) # or any other level
logger.addHandler(ch)

Якщо ви також хочете записати у файл (якщо ви хочете написати лише файл, пропустіть останній розділ):

fh = logging.FileHandler('myLog.log')
fh.setLevel(logging.DEBUG) # or any level you want
logger.addHandler(fh)

Тоді, де б ви не використовували, printвикористовуйте один із loggerметодів:

# print(foo)
logger.debug(foo)

# print('finishing processing')
logger.info('finishing processing')

# print('Something may be wrong')
logger.warning('Something may be wrong')

# print('Something is going really bad')
logger.error('Something is going really bad')

Щоб дізнатися більше про використання більш досконалих loggingфункцій, прочитайте чудовий loggingпідручник у документах Python .

Найпростіше рішення не через python; його через оболонку. З першого рядка вашого файлу ( #!/usr/bin/python) я здогадуюсь, що ви в системі UNIX. Просто використовуйте printзаяви, як зазвичай, і взагалі не відкривайте файл у вашому сценарії. Коли ви перейдете до запуску файлу, а не

./script.py

щоб запустити файл, використовуйте

./script.py > <filename>

де ви замінюєте <filename>ім'я файлу, на який потрібно вийти. >Маркер говорить (більшість) оболонки , щоб встановити стандартний висновок в файл , що описується наступним токен.

Тут важливо згадати одне важливе, що для ./script.pyзапуску потрібно зробити "script.py" .

Тому перед запуском ./script.pyвиконайте цю команду

chmod a+x script.py (зробіть сценарій виконуваним для всіх користувачів)

Якщо ви використовуєте Linux, я пропоную вам скористатися teeкомандою. Реалізація йде так:

python python_file.py | tee any_file_name.txt

Якщо ви не хочете нічого змінювати в коді, я думаю, це може бути найкращим можливим рішенням. Ви також можете реалізувати реєстратор, але вам потрібно внести деякі зміни в код.

Можливо, ця відповідь вам не сподобається, але я думаю, що це ПРАВА. Не змінюйте призначення stdout, якщо це абсолютно не потрібно (можливо, ви використовуєте бібліотеку, яка виводить лише для stdout ??? тут явно не так).

Я думаю, що як хороша звичка ви повинні заздалегідь підготувати свої дані у вигляді рядка, а потім відкрити файл і написати всю справу одразу. Це відбувається тому, що чим довше у вас відкрита операція з файлом, тим більше шансів виникнути помилка з цим файлом (помилка блокування файлу, помилка вводу / виводу тощо). Просто робити це за одну операцію не залишає сумнівів, коли це могло піти не так.

Ось приклад:

out_lines = []
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    out_lines.append('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    out_lines.extend(linelist)
    out_lines.append('\n')

І тоді, коли ви закінчите збирати свої "рядки даних" по одному рядку за списком, ви можете з'єднати їх з деякими '\n'символами, щоб зробити все виведеним; можливо, навіть оберніть ваш вихідний оператор у withблок, для додаткової безпеки (автоматично закриється ваша вихідна ручка, навіть якщо щось піде не так):

out_string = '\n'.join(out_lines)
out_filename = 'myfile.txt'
with open(out_filename, 'w') as outf:
    outf.write(out_string)
print "YAY MY STDOUT IS UNTAINTED!!!"

Однак якщо у вас є багато даних для запису, ви можете писати їх по черзі. Я не думаю, що це стосується вашої заявки, але ось альтернатива:

out_filename = 'myfile.txt'
outf = open(out_filename, 'w')
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    outf.write('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    mydata = samtoolsin.stdout.read()
    outf.write(mydata)
outf.close()

Якщо перенаправлення stdoutпрацює на вашу проблему, відповідь Грінго Суаве - це хороша демонстрація того, як це зробити.

Щоб зробити це ще простіше , я створив версію, яка використовує менеджери контексту для стислого узагальненого синтаксису виклику за допомогою withоператора:

from contextlib import contextmanager
import sys

@contextmanager
def redirected_stdout(outstream):
    orig_stdout = sys.stdout
    try:
        sys.stdout = outstream
        yield
    finally:
        sys.stdout = orig_stdout

Щоб використовувати його, ви просто зробите наступне (випливає з прикладу Suave):

with open('out.txt', 'w') as outfile:
    with redirected_stdout(outfile):
        for i in range(2):
            print('i =', i)

Це корисно для вибіркового переадресації, printколи модуль використовує його так, що вам не подобається. Єдиним недоліком (а це зловмисник для багатьох ситуацій) є те, що він не працює, якщо потрібно кілька потоків з різними значеннями stdout, але для цього потрібен кращий, більш узагальнений метод: непрямий доступ до модуля. Ви можете бачити їх реалізацію в інших відповідях на це питання.

Зміна значення sys.stdout змінює призначення всіх дзвінків для друку. Якщо ви використовуєте альтернативний спосіб зміни призначення друку, ви отримаєте той же результат.

Ваша помилка десь інше:

• це може бути код, який ви видалили для свого запитання (звідки береться ім'я файлу для відкриття дзвінка?)
• також може бути, що ви не чекаєте, коли дані будуть видалені: якщо ви друкуєте на терміналі, дані видаляються після кожного нового рядка, але якщо ви друкуєте у файл, він видається лише тоді, коли буфер stdout заповнений (4096 байт на більшості систем).

Щось для розширення функції друку для циклів

x = 0
while x <=5:
    x = x + 1
    with open('outputEis.txt', 'a') as f:
        print(x, file=f)
    f.close()