Я все ще новачок у git, і це була просто дурна помилка, яку я допустив, довга історія в одному реченні. Я знаходився не в підпапці, як повідомляв @gaoagong, а навпаки, у батьківській папці. Як не дивно, але з цієї відповіді я не зрозумів ідеї, натомість ідея з’явилася під час тестування git add --all, див. Довгу історію нижче.
Приклад у деталях.
Фактичний репо:

Батьківська папка, яку я помилково відкрив на батьківському рівні (у моєму випадку vscode_git):

Я клонував репо, але у мене була батьківська папка над цим репо, яку я замість цього відкрив, а потім спробував додати файл репозиторію підпапки git add 'd:\Stack Overflow\vscode_git\vscode-java\.github\ISSUE_TEMPLATE.md', який просто нічого не робив, жодного попереджувального повідомлення, а git statusпотім сказав:
нічого не додано до коміту, але наявні невідстежені файли (використовуйте "git add" для відстеження)

Біг git add --allдав мені жовті ноти:
попередження: додавання вбудованого сховища git: vscode-java вбудоване сховище і не знатиме, як його отримати.
підказка: Якщо ви мали намір додати підмодуль, використовуйте: git підмодуль add vscode-java
підказка: Якщо ви додали цей шлях помилково, ви можете видалити його з індексу за допомогою git rm --cached vscode-java
Див. "Підмодуль довідки git" для отримання додаткової інформації. Git

Щоб виправити це, я повернув за git add --allдопомогою git rm --cached -r -f -- "d:\Stack Overflow\vscode_git\vscode-java" rm 'vscode-java':

Потім, просто відкривши фактичну папку репо,

git знову запрацював, як очікувалося. Звичайно, тоді папку ".git" батьківської папки можна буде видалити:
