Я вважаю, що це тут http://flask.pocoo.org/docs/deploying/uwsgi/ є гарною відповіддю для усунення плутанини. Питання не безглузде, трапляється з кожним, хто бачить ці два терміни і не має попередньої інформації про те, як все працює за межами світу mod_PHP (наприклад, нічого проти php чи людей)
Цей сайт добре пояснює на практиці, що потрібно і в чому різниця, а також хороший приклад розгортання для nginx.
Для зручності тут наводиться пояснення з вікі Flask:
uWSGI - це варіант розгортання на таких серверах, як nginx, lighttpd та cherokee; інші варіанти див. у розділі FastCGI та автономні контейнери WSGI. Для використання програми WSGI з протоколом uWSGI вам спочатку знадобиться сервер uWSGI. uWSGI - це і протокол, і сервер додатків; сервер додатків може обслуговувати протоколи uWSGI, FastCGI та HTTP.
Найпопулярнішим сервером uWSGI є uwsgi, який ми використаємо для цього посібника. Переконайтеся, що він встановлений, щоб слідувати далі.