Не вдається встановити пакет R в Ubuntu 11.04 [закрито]


130

Я новачок у Linux та R.

Я встановив R 2.12 в Ubuntu 11.04. Сьогодні я спробував встановити новий пакет, тому я запустив таку команду:

install.packages('XML')

Але установка не вдалася і дала таку інформацію:

* installing *source* package XML ...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
No ability to remove finalizers on externalptr objects in this verison of R
checking for sed... /bin/sed
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package XML
* removing ‘/home/spirit/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/XML

The downloaded packages are in
    ‘/tmp/RtmpoZYxnv/downloaded_packages
Warning message:
In install.packages("XML") :
  installation of package 'XML' had non-zero exit status

Я також спробував:

sudo install.packages('XML')

Але це дає ту саму інформацію про помилки.

Хто-небудь може дати мені будь-яку пораду?


Встановити xml2-config?
Уейн Вернер

9
Це питання мені просто допомогло (знову) в Ubuntu 14.04
генеорама

2
Я не знаю про те, що питання є поза темою чи ні, але відповідь нижче також вирішив мою проблему з Ubuntu Trusty Tahr.
msoftrain

Чи слід це перемістити до стеку AskUbuntu? Це питання, що стосується використання R або RStudio (хоча це, мабуть, трапляється з іншим програмним забезпеченням?), Викликане відсутністю необхідних програмних пакетів в Ubuntu. Це досить поширене запитання, яке, здається, згідно зі списком "Пов'язані", який я бачу праворуч. І можна справедливо запитати, чому ці пакети відсутні в Ubuntu?
Рік Хендерсон

1
@rickHenderson Це також корисно для інших дистрибутивів Linux.

Відповіді:


211

Метод install.packages

Вам потрібно встановити пакет ubuntu libxml2-devОтже, у тип підказки оболонки:

sudo apt-get update
sudo apt-get install libxml2-dev

Для цього вам знадобляться спеціальні sudoповноваження.

Пакетний метод Ubuntu

Як згадували Річі та Дірк, ви також можете використовувати:

sudo apt-get install r-cran-xml

Якщо ви підете цим шляхом, я рекомендую вам переглянути сторінку джерел R ubuntu, яка забезпечить наявність поточної версії R та пов'язаних з ними R-пакетів. Це може бути важливо, якщо ви використовуєте LTS версію ubuntu.


1
Ви можете спробувати синаптичний? шукайте потрібний вам там пакет
pacomet

r-cran-xml недостатньо, довелося робити libxml2-dev
Ferroao

Ділюсь моїми спостереженнями щодо подібної проблеми, яка може допомогти користувачам MAC. Незважаючи на те, що у мене були всі залежні бібліотеки, я все-таки помилився. Після безлічі випробувань саме це мене врятувало. Під час встановлення через rstudio за допомогою install.packages () ви отримуєте швидке запитання - чи хочете ви встановити з джерел пакет, який потребує компіляції? y / n: Дайте тут свою відповідь як "n". Це працювало для мене.
міньйон

У Debian розтягування sudo apt-get install libxml2-devвистачає лише на роботу
Адріано Ріволлі,

Я отримую цю помилку: sudo apt - get install r-cran-xml
PhD Suat Atan

29

Відповідь Коліна правильна у вузькому розумінні, але в той же час помилкова, як ви можете просто сказати

 sudo apt-get install r-cran-xml

оскільки XML є одним із пакетів CRAN, доступних в Ubuntu. Невже apt-cache search r-cran-*бачите інших.

Використовуючи наш веб-сайт, ви визнаєте, що прочитали та зрозуміли наші Політику щодо файлів cookie та Політику конфіденційності.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.