Справжньої "різниці" немає. Веб-сайт - це більш анахронічний термін, який існує з перших днів Інтернету, де поняття про динамічну програму, яка може реагувати на введення користувачів, була набагато більш обмеженою та набагато рідшою. Комерційні веб-сайти розпочалися значною мірою як інтерактивні брошури (за винятком винятків сайтів бронювання готелів та авіакомпаній). З часом їх функціональність (та підтримуючі технології) ставали все більш чутливими, а лінія між додатком, який ви встановлюєте на свій комп’ютер, і тим, що існує у хмарі, все більше розмивається.
Якщо ви просто хочете чітко висловити себе, говорячи про те, що ви будуєте, я б продовжував описувати щось, що є інтерактивною брошурою чи візитною карткою, як "веб-сайт", а щось, що насправді * робить щось, що більше схоже на додаток як веб-додаток.
Найбільш елементарним відмінністю було б, якщо на веб-сайті є підтримуюча база даних, яка зберігає дані користувачів і змінює те, що бачить користувач, виходячи з визначених користувачем критеріїв, то, ймовірно, це програма якоїсь форми (хоча я б не хотів описувати Amazon.com як веб-додаток, хоча він має дуже багато функціональних особливостей користувача). Якщо, з іншого боку, це здебільшого статичні .html файли, які посилаються один на одного, я б назвав це веб-сайтом.
Найчастіше в ці дні веб-додаток матиме велику частину своєї функціональності, записаної у тому, що працює на клієнті (велику частину обробки виконує або JavaScript, або сценарій дій, залежно від того, як реалізовано) і повертається назад через деякий процес http на сервер для підтримки даних. Користувач не пересувається зі сторінки на сторінку так сильно і переживає все, що збирається, на одній "сторінці", яка створює для них програму.