Ви можете використовувати обидва з відносно мало питань. Twitter Bootstrap використовує jQuery 1.7.1 (станом на цей текст), і я не можу придумати жодних причин, чому ви не можете інтегрувати додаткові компоненти інтерфейсу Jquery у свої шаблони HTML.
Я використовував комбінацію HTML5 Boilerplate та Twitter Bootstrap, створену на Initializr.com. Це поєднує два дивовижні шаблони для початківців в один великий проект для початківців. Перегляньте деталі на веб-сторінці http://html5boilerplate.com/ та http://www.initializr.com/ Або для початку роботи, перейдіть на сторінку http://www.initializr.com/ , натисніть "Bootstrap 2" і натисніть "Завантажити". Це дасть вам всі js та css, необхідні для початку.
І не лякайтеся HTML5 та CSS3. Initializr та HTML5 Boilerplate включають поліфіли та специфічний код IE, що дозволить працювати всім функціям у IE 6, 7 8 та 9.
Використання МЕНШЕ в Twitter Bootstrap також необов’язкове. Вони використовують ЛЕШЕ для компіляції всіх CSS, які використовуються Bootstrap, але якщо ви просто хочете змінити або додати свої власні стилі, вони надають порожній файл css для цієї мети.
Існує також порожній js-файл (script.js) для додавання спеціального коду. Тут ви б додали ваших обробників або селекторів для додаткових компонентів jQueryUI.