Я новачок у пакеті PETSc.
У мене є ~ 4000x4000 матриця A у форматі матричного ринку, і я хочу отримати PETSc для вирішення цього питання за допомогою декількох процесорів.
Я знаю, як вирішити систему на одному процесорі, але я не знаю, як розподілити матрицю та вектори між різними процесорами.
Чи існує простий набір інструкцій для цього?
Відповіді:
Матричний ринок - це жахливий формат для паралельного читання, тому краще попередньо обробити до кращого паралельного формату. Ваш розмір матриці надзвичайно малий, тому продуктивність не є проблемою, але найпростіше і найзагальніше - використовувати Python або Matlab / Octave для запису файлу Matrix Market у двійковому форматі PETSc, який можна ефективно читати при паралельному використанні MatLoad(). Наприклад, ви можете використовувати цей код Python для попередньої обробки (додати $PETSC_DIR/bin/pythonscriptsдо свого PYTHONPATH)
import scipy.io, PetscBinaryIO
A = scipy.io.mmread('thematrix.mtx')
PetscBinaryIO.PetscBinaryIO().writeMatSciPy(open('petscmatrix','w'), A)
У цей момент ви також можете записати вектор у файл. Якщо ви просто хочете прочитати та вирішити систему, ви можете скористатися src/ksp/ksp/examples/tutorials/ex10.c(з можливістю -f petscmatrixчитати бінарний файл, який ви тільки що написали).
У реальній програмі вам слід уникати робочого процесу, який передбачає запис файлів на диск у будь-якому форматі. Набагато краще збирати матрицю паралельно, використовуючи доменно-розкладене представлення проблеми. Більшість прикладів у PETSc написані таким чином.