Місце для публікації статей, що підкреслюють програмне забезпечення

Програмне забезпечення є фундаментальною частиною обчислювальної науки і все більше визнається важливою частиною наукових записів. Враховуючи цінність використання існуючого та добре перевіреного коду, здається, варто якомога ширше повідомити про існування корисних кодів та зарахувати їх творців. В академічній ситуації це означає публікацію деяких робіт, орієнтованих насамперед на програмне забезпечення.

Де можна публікувати наукові праці, основним напрямком яких є обчислювальне програмне забезпечення? Щоб бути повністю зрозумілим, я маю на увазі твори, які не можуть включати будь-яку нову математику, алгоритми тощо - вони дійсно орієнтовані на програмне забезпечення.

Мені також було б цікаво почути від тих, хто подав такі документи до цих журналів, який був досвід та які місця вони рекомендують.

Короткий зміст наданих відповідей:

• Операції з математичним програмним забезпеченням
• Наукове програмування
• Розділ програмного забезпечення журналу SIAM «Наукові обчислення» (SISC)
• Архів чисельного програмного забезпечення
• Відкриті наукові обчислення
• Комп'ютерна фізика, комунікації
• Успіхи інженерного програмного забезпечення
• Журнал статистичного програмного забезпечення
• Журнал хімічної теорії та обчислень
• Вихідний код з біології та медицини
• PLOS ONE
• Міжнародний журнал квантової хімії
• Епідеміологія
• Обчислення в науці та техніці
• Журнал обчислювальної хімії
• Розробка геознавчої моделі
• Журнал досліджень машинного навчання
• Обчислення математичного програмування
• Журнал програмного забезпечення з відкритим кодом
• SoftwareX

У списку є деякі інші журнали, що стосуються додатків: такі як Журнал обчислювальної фізики або Комп'ютерна фізична комунікація , які приймають статті як про алгоритми, так і про програмне забезпечення, яке використовується для їх реалізації. Якщо ви перебуваєте в галузі хімії, журнал хімічної теорії та обчислень може бути ще одним журналом для розгляду. Усі вони дозволяють публікувати пакети - я бачив коди, про які я використовував, що обговорювалися в них. Комп'ютери та хімічна інженерія дозволяють отримати документи для впровадження програмного забезпечення, але їм потрібно зробити щось оригінальне - це не може бути "поступовий попередній" папір.

Успіхи в інженерному програмному забезпеченні хороші, і програми відрізняються досить сильно.

Журнал статистичного програмного забезпечення є ще один , який фокусується на програмному забезпечення, але конкретне застосування. Дуже багато R у цьому.

Додам, що я жодного разу не публікував жодного з них, тому не можу говорити з цим досвідом, але я слідую за ними і вважаю, що статті є якісними.

Я опублікував пару програмних робіт. Один був у вихідному коді BMC в біології та медицині - проекті мультимасштабної імунології: програмне забезпечення для клітинного імунологічного моделювання та PLoS ONE - SNPpy - управління базами даних для SNP-даних для досліджень генома широких асоціацій .

Це два дуже різні проекти. Перша - це система, заснована на моделюванні агентів, написана для моделювання імунологічних систем, тому належить до обчислювальної біології. Остання є системою на базі даних для управління даними SNP в контексті GWAS, тому належить до біоінформатики.

Щодо публікаційного досвіду - час очікування був низьким порівняно з математичними паперами, що було добре. Рецензенти не давали мені важкого часу, що теж було добре. З іншого боку, публікація програмного паперу шалено забирає багато часу. У вас є папір, а також база даних з кодом, з якою ви можете вирішити, не кажучи вже про документацію користувача.

Одне, що мене дуже турбує, - це те, що я побачив мало доказів, що рецензенти насправді доклали зусиль, щоб запустити програмне забезпечення, і нульові докази, що вони зрозуміли дизайн коду або навіть подивилися на код. В обох журналах було по два звіти рецензента в кожному. У колишньому випадку (BMC) один рецензент зазначив, що намагався встановити / запустити програмне забезпечення і не вдався (проблема, яку ми вирішили), але з чотирьох оглядів, це був єдиний, який конкретно згадував про власне програмне забезпечення. Більшість коментарів були більш загальними щодо наукових питань та питань, які я висловив у статті. В цілому, я відчував, що рецензенти в основному просто читали статті. В ідеальному світі рецензент також буде зацікавлений у розробці програмного забезпечення та деталях коду, включаючи такі питання, як продуктивність, залежності, портативність, розширення та тестування. Рецензенти для SNPpy запитали про портативність та розширюваність. як я заявляв у статті, що програмне забезпечення було і портативним, і розширюваним, але я не думаю, що вони насправді переглядали код. Справедливо кажучи, розуміння того, що стосується нетривіальної бази даних, є важкою роботою, і, можливо, більше, ніж можна обґрунтовано очікувати від неоплаченого рецензента.

Я використовував LaTeX для обох цих паперів. У випадку PLoS це передбачало досить багато стрибків через обручі, щоб рукопис виглядав так, як вони хотіли, оскільки вони насправді не використовують LaTeX і запускали якусь програму перетворення. PLoS заплутався в перетворенні моїх фігур, які були зроблені за допомогою TikZ, і були дуже приємними, але ви не знали б цього, дивлячись на їх версію. Також варто зазначити, що PLoS не надає доказів рукопису.

Журнал обчислювальної хімії (Спеціальний розділ статті) і Міжнародний журнал квантової хімії звіт про програмне забезпечення та алгоритми.

Два, яких я ще не бачив у цьому списку, що може зацікавити когось, окрім мене в якийсь момент, - американський журнал епідеміології та епідеміології .

Якщо ви написали розумне програмне забезпечення, щоб здійснити щось, про що піклуються епідеміологи, вони можуть його дуже добре опублікувати. Я бачив нещодавно принаймні короткі статті про SAS Macros, щоб здійснити дещо складніший статистичний аналіз, програму, яка виконує регресію приєднання до точки, і таку, яка робить деякі полеві речі з направленими ациклічними графіками.

Виявляється, одна з згаданих публікацій була в епідеміології : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

Жоден журнал, який я підозрюю, і не каже, що вони шукають статті про програмне забезпечення - що робити з польовими журналами в дисципліні, яка не є програмним забезпеченням, але аналіз, включаючи програмне забезпечення, не рідкість, і посилання є прикладом стаття повністю зосереджена на програмному продукті.

AJE:

Документи, що стосуються практичного застосування епідеміологічних чи статистичних методів (наприклад, впровадження статистичних методик чи оцінки стратегій інтерв'ю), опубліковані у розділі «Практика епідеміології».

Епідеміологія: Стаття вище була опублікована як лист. Вони також приймають огляди програмного забезпечення, якщо у вас є привітний колега або хтось у цій галузі, який може зацікавити.

Мені відомо, що вони заохочують електронні додатки з кодом, і я щось принаймні переглянув там із посиланням на сховище Github.

Розробка геознавчої моделі - це журнал із відкритим доступом для цієї мети. Як і інші журнали Європейського геофізичного союзу, він має відкритий процес огляду .

Журнал досліджень машинного навчання (JMLR) має трек "Програмне забезпечення з відкритим кодом для машинного навчання". Це досить вибірково (що, на мою думку, це добре). Журнал повністю безкоштовний (для авторів та читачів) та керується волонтерами.

Нещодавно Товариство математичної оптимізації запустило журнал

Обчислення математичного програмування

З їх «Цілей та сфери застосування»:

Математичне програмування з обчислень (MPC) публікує оригінальні статті досліджень, що висвітлюють обчислювальні питання математичної оптимізації. Статті повідомляють про інноваційне програмне забезпечення, порівняльні тести, середовища моделювання, бібліотеки даних та / або додатки. Головною особливістю журналу є включення супровідного програмного забезпечення та даних до поданих рукописів.

Щодо тем, вони пишуть:

Теми, охоплені MPC, включають лінійне програмування, опуклу оптимізацію, нелінійну оптимізацію, стохастичну оптимізацію, надійну оптимізацію, цілочисельне програмування, комбінаторну оптимізацію, глобальну оптимізацію, мережеві алгоритми та мови моделювання.

Інший варіант - обчислення в науці та техніці . Це гібрид наукового журналу (з рецензованими статтями про реферат) та журналу (з нерегулярними регулярними колонками). Він публікує статті, які, можливо, цікаві для читачів. Стаття про програмне забезпечення повинна містити цікавий матеріал, наприклад, про конкретні використовувані методи, які корисні широкій аудиторії, ніж саме програмне забезпечення.

Можливо, варто додати, що я є членом редакції цього журналу.

Наукове програмування - це варіант, який дозволяє зосередити увагу на техніках програмування, що використовуються при написанні наукового програмного забезпечення. (Розголошення: Я в Редакційній консультативній раді.)

Є деякі журнали, що стосуються додатків

Комп'ютери та геологія, Комп'ютери та рідини, Комп'ютери та структури,

тощо.