Відповідь - завжди слід вимірювати, бажано, якщо це можливо, власні дані та навантаження.
Оскільки шаблони доступу до даних можуть сильно відрізнятися від програми до програми, важко сказати і, швидше за все, неможливо визначити "найкращий" механізм зберігання даних для всіх навантажень.
Однак, у просторі MySQL є дуже обнадійливі події, які минулого тижня відвідали MySQLConf / Percona Performance Conf.
Деякі з альтернативних двигунів зберігання:
- XtraDB (вилка InnoDB)
- Плагін InnoDB
- PBXT
- TokuDB
Крім того, Percona, Google та ін. Внесли патчі, які чудово допомагають у роботі InnoDB. Особисто я керую збіркою OurDelta. Це добре працює для мене, і я закликаю перевірити побудови OurDelta та Percona.