Щоб говорити з кожним із ваших проблем:
Я вже кілька років розгортаю версії середовища виконання Java як завдання на встановлення програмного забезпечення з групової політики. Я відключаю функцію оновлення як перетворення в MSI та розгортаю оновлення, за необхідності, шляхом обов'язкових оновлень. Якщо машинам потрібно зберігати старіші JRE (оскільки деякі програми вимагають цього), я використовую групи безпеки, щоб машини не отримували нові оновлення. (На щастя, мені це не доводилося часто робити.)
Я будую перетворення на MSI Sun, використовуючи інструмент Orca Microsoft. Можливо, буде приємно мати такий інструмент, як "Майстер налаштування" Adobe, але я можу зробити все, що потрібно, з Orca.
У мене не було приводу, щоб користувачі "вручну конфігурували певні налаштування", але я б обробляв це одним із двох способів. Якщо деякі користувачі потребують певних налаштувань, що відрізняються від "норми", я б або розгорнув "перевагу" групової політики, щоб встановити це налаштування (якщо припустити, що це в користувацькій частині реєстру), або адміністративний шаблон змінити налаштування (припустимо, що це знаходиться в комп'ютерній частині реєстру). Якщо потрібно, щоб користувач hte мав змогу змінити налаштування за потребою, я б грубо змінив дозволи в реєстрі, щоб дозволити користувачеві (дійсно, групі безпеки, що містить користувача) зробити це. Нахабно.
Якщо додаток вимагає власного JRE, я був би в нагоді пов'язати встановлення цього JRE зі сценарієм / GPO, який розгортає додаток і розглядає їх як одиницю. Це найпростіший спосіб, який я можу придумати для вирішення цього питання.
Мені важко згадати, які налаштування живуть у розділі "Файли програм", але я з грубою надією надаю дозвіл групі безпеки, що містить облікові записи користувачів, які потребують зміни цих параметрів, якщо це потрібно. Напевно, я б також тримав голову в руках і проклинав Сонце.
До тих пір, поки Sun не зіб'ється з метою розгортання підприємства та управління JRE, я думаю, що, ймовірно, у всіх нас є хакітивні шляхи вирішення цього питання. Це страшно, але, на жаль, типово. Схоже, переважна більшість розробників не мають поняття, що це таке, як займатися систематичною роботою. <sigh>