Відповіді:
Я опинився під враженням, що в InnoDB можуть бути відключені та увімкнені ключі. Я просто копав. Це неможливо зробити. Отже, я помилився.
Однак ключові обмеження можна включати та вимикати для конкретного сеансу:
SET unique_checks = 0;
SET foreign_key_checks = 0;