Після невеликого чату на IRC загальна думка полягає в тому, що ядро Linux має деякий код між ipv4 та ipv6, і це може зробити повністю відключення ipv4 абсолютно неможливим. Ви можете спробувати скомпілювати ядро без ipv4 частин, але ipv6 може не компілюватися в цьому випадку (але нічого не заважає вам намагатися!).
Ви можете видалити ipv4 адреси з інтерфейсів, AFAIK, але я не думаю, що наразі можливо відключити ipv4 повністю.
EDIT: Після швидкої перевірки make menuconfig
ядра 2.6.36 я не зміг знайти спосіб відключення ipv4 без відключення всього стеку TCP / IP (і так, ipv6).