Основна проблема полягає в тому, що перевірка файлової системи (як правило) не є частиною файлової системи. Натомість це окрема програма, яка читає і записує на той же диск, що і код файлової системи в ядрі. Як результат, якщо ви запускаєте fsck в активній файловій системі, у вас є дві різні сутності, які читають (і потенційно змінюють) одні і ті ж дані (диск), але вони ніяк не координують один одного. Результатом, як зазначають інші, є те, що більшість перевіряючих очікують, що ніхто більше не змінює метадані файлової системи під час їх запуску. Вони заплутаються та / або повідомлять про помилкові помилки, якщо файлова система ядра змінить щось, чого перевірка не очікує.
Існує кілька файлових систем з шашками, які явно розроблені для запуску "он-лайн" (тобто, поки файлова система активна). Новіші версії FFS / UFS роблять це, запускаючи fsck проти недавнього знімка файлової системи (лише для читання, реплика копіювання під час запису). Якщо він виявить проблеми, такі як невідповідності у розподілі бітових карт, він виправляє їх за допомогою системного виклику, а не записом на необроблений диск. Це дозволяє йому координуватись із активною файловою системою.
WAFL NetApp також має он-лайн інструмент перевірки. Напевно, є й інші.