На Apache ви можете ProxyPass все, крім однієї або декількох підкаталогів (з "!").
ProxyPass /subdir !
ProxyPass / http://localhost:9999/
Що таке еквівалент Nginx?
Моя перша здогадка, очевидно, не працює:
location /subdir {
root /var/www/site/subdir;
}
location / {
proxy_pass http://localhost:9999/ ;
}