Я не впевнений, якого типу рішення ви очікуєте. Ви, напевно, знаєте про роботу з Cron, але я б не оновлював системи в сліпому, оскільки потрібні втручання людини (і саме тому вони платять вам за це, правда?)
Якби у вас були повністю однакові системи, ви можете розглянути можливість використання чогось на зразок rsync для усунення відмінностей, але з'ясувати, які файли не для rsync може бути складним, і я б цього не робив під час роботи служб. Принаймні, сценарії оновлення створені для управління перезапуском послуг та об'єднанням у відмінності файлів конфігурації.
Можливо, якщо ви поясните, у чому полягає проблема у виконанні команд apt-get, ми могли б побачити того, чого ви хочете уникнути.
Якщо проблема полягає в пропускній спроможності та часу для завантаження, можливо, вам слід встановити одне поле, щоб виступати у вашому локальному сховищі Debian. Існують посібники Debian, як це зробити.
Ось кілька порад, як мінімізувати кількість речей, які потрібно оновити.
Встановлюючи Debian, не встановлюйте Desktop, якщо вам дійсно не потрібно використовувати X на цій консолі. Більшість серверів не потребує встановлення X. Це може значно зменшити кількість пакетів у системі, і тоді вам не потрібно буде оновлювати стільки пакетів.
Переконайтеся, що izvor.list включає лише сховища, які вам справді потрібні. Якщо ви експериментували з якимось сховищем і забули про це, можливо, ви вводите оновлення, які вам не потрібні чи не хочете.
Якщо у вас виникли проблеми зі сліпою роботою оновлень на виробничому сервері, будьте обережні, зверніться до посібників із оновлення Debian, коли є основне оновлення (4,0 до 5,0). Вони дуже добре пройдуть, якщо дотримуватись інструкцій щодо оновлення. Це не так просто, як запустити оновлення apt-get dist і перейти пішки. Іноді в інструкціях є навіть вказівки на те, коли запускати здатність, а не apt-get - в них є невеликі відмінності.