Кількість файлів у папці теоретично може бути необмеженою. Однак кожного разу, коли ОС отримає доступ до певної папки для пошуку файлів, доведеться обробляти всі файли в папці. Маючи менше 500 файлів, ви можете не помітити затримок. Але якщо у вас в одній папці десятки тисяч файлів, проста команда списку папок (ls чи dir) може зайняти занадто довго. Коли можна отримати доступ до цих папок через FTP, це дійсно буде занадто повільно ...
Проблеми з продуктивністю насправді не залежать від вашої ОС, а від швидкості роботи системного процесора, ємності диска та пам'яті. Якщо у вас так багато файлів, можливо, ви захочете об'єднати їх в єдиний архів і використовувати систему архівації, оптимізовану для зберігання великої кількості даних. Це може бути ZIP-файл, але ще краще - зберігати їх як краплі в базі даних з ім'ям файлу в якості основного ключа.