Обробка зображень - підрахунок ядер

10

Я намагаюся створити програму, яка може підрахувати кількість ядер у такому зображенні:

введіть тут опис зображення

Я вже зробив наступне, крок за кроком:

Застосовуйте змінний послідовний фільтр (закриваючи та відкриваючи зображення за допомогою поступово більших структуруючих елементів)
Застосовуйте дистанційне перетворення
Застосовуйте сегментацію вододілу, використовуючи зображення, перетворене на відстань, для виявлення мінімумів

Який дає наступний результат (де кожен колір представляє нове ядро, що зараховується):

введіть тут опис зображення

Як ми бачимо, існує безліч недосконалостей, зокрема, перенаселених ядер. Я б сказав, що причиною цієї проблеми є те, як я наклав мінімуми для трансформації вододілу (використовуючи дистанційне перетворення), але я справді не маю інших ідей щодо введення мінімумів у цьому випадку.

Оскільки дистанційна трансформація генерує мінімуми на основі округлості об'єктів, я хотів би знати кращу альтернативу округленню ядер, ніж змінний послідовний фільтр (дивлячись на зображення вище, ми можемо зробити висновок, що більшість "перерахунків" походить від менш округлі ядра). Я також хотів би знати кращі способи накладення мінімумів для перетворення вододілу.

image-processing

— Тіаго
джерело

3

Мені іноді виникають такі питання на роботі і ... не вдавайтеся в це. Я, як правило, прошу користувача повернутися до мікроскопа і придбати гідні зображення. Я не впевнений, що міг би їх точно порахувати вручну. Це варіант у вашому випадку (перегляд зображуваної частини я маю на увазі)?

— Жан-Ів

Божевільна ідея, яка може спрацювати залежно від того, скільки зображень потрібно аналізувати та як часто, але знаючи, що люди краще в цьому справі: спробуйте використовувати Механічний турк Amazon.

— DarenW

Чи можете ви надати основну правду для свого образу? (Ви вручну окреслені вами) Я переглянув зображення і, відверто кажучи, не можу сказати вам, що є ядрами, а які - артефактами. Є якісь ядра, які складаються лише з декількох пікселів? Ядра припускають бути круглими / еліпсовими? І в кінцевому підсумку, як зазначав @ Жан-Ів, ви можете отримати кращу картину? Всі ми можемо регулювати контрастність і світність, але ми не можемо повторно підфарбовувати зразок.

— visoft

1

Існує чимало статей про те, як вирішити проблему надсегментації вододілу, але я думаю, вам слід прочитати надійні методи сегментації зображень клітин (наукова стаття від 2004 року від Bengtsson et al.).

Він охоплює різні методи сегментування клітинних зображень та включає приклади реального світу, які показують, як обробляти надсегментацію від вододілу на флюоресцентній мікроскопії, подібній вашій (вона також має приклади для зображень із яскравим полем та конфокальної мікроскопії). Він використовує насіння з трансформації відстані, подібно до вашого підходу, і зливає регіони зі слабкими межами. Стаття добре читається, і концепції досить зрозумілі для впровадження в Matlab.

Для ще більш сучасного підходу ви можете прочитати Схему декомпозиції для 3D нечітких об’єктів на основі інформації про нечіткі відстані від Свенсон. Він використовує аналогічний метод, як у Бенгтссона та ін., Але працює над нечітким перетворенням відстані, що дає кращу представлення щільності для об'єктів, що використовуються у статті.

— круги
джерело

0

Ви можете спробувати "розширене максимальне перетворення", що є методом морфологічної реконструкції. Він виявляє максимум балів за заданим критерієм контрасту, який можна перевернути та накласти. Він реалізований в Matlab.

— Зоран
джерело