Це дійсно залежить від того, які дані є, і їх слід вирішувати в кожному конкретному випадку, можливо, навіть для окремих файлів. Погляньте на вміст цих файлів. Найчастіше ви можете сказати, що вони означають. Такі речі, як розташування та розмір вікон IDE - це те, чого ви не бажаєте в керуванні джерелами.
Але деякі файли проектів IDE є життєво важливими метаданими проекту. Я не знаю добре Netbeans, але для затемнення файл .project повідомляє IDE, як називається проект, що це веб-проект Java тощо. Файл .classpath містить інформацію про папки джерела та бібліотеки. Деякі файли в каталозі .settings можуть бути однаково важливими, наприклад, org.eclipse.core.resources.prefs містить інформацію про те, яке кодування слід використовувати для яких файлів.
Як метадані проекту, цей матеріал дуже заслуговує на те, щоб бути використаним у контролі джерел.
Деякі IDE можуть імпортувати метадані проекту з інших IDE. Ще краще було б мати його у формі, не прив'язаній до конкретної IDE.
Для Java існує таке поняття: Maven . Це накладає чіткі умови на структуру проекту і дозволяє вказувати метадані проекту (наприклад, залежність від бібліотеки) в одній точці (файл під назвою pom.xml, який знаходиться в головному каталозі проекту і, звичайно, в керуванні джерелами). Існують плагіни, які потім створюють файли проектів IDE з конфігурації Maven та інші, які можуть автоматизувати процес збирання проекту або робити практично все, що завгодно. Іноді здається, що це робить речі не надто складними, і на це потрібно якийсь час, щоб навчитися, але переваги, як правило, того варті.