Як обчислити прогнозовані показники небезпеки з моделі Cox PH?

11

У мене є така модель Cox PH:

(Час, подія) ~ X + Y + Z

Я хотів би отримати оцінки небезпеки швидкості (я говорю про швидкостях небезпеки НЕ небезпеки коефіцієнтів) дано конкретні значення X, Y, Z. Я знаю, що пакунок muhaz R може розрахувати спостережувані показники небезпеки, але мене цікавить прогнозована модель.

Чи є спосіб це зробити в R?

r survival hazard cox-model

— худобу
джерело

2

Здається, що ваше "рівняння" моделює двійковий результат. Тепер модель PH Кокса стосується даних про виживання, і те, що лежить на лівій стороні, повинно бути ступенем небезпеки ... Я думаю, вам слід уточнити ...

— ocram

2

Модель Кокса не оцінює базову функцію небезпеки (зазвичай позначається як ). Для оцінки рівня захворюваності на основі моделі слід використовувати параметричну модель виживання.

λ_{0} (t)

$\lambda_0(t)$

— boscovich

1

У вашому запитанні є деяка неоднозначність. Функція небезпеки - це ймовірність, а не швидкість. Це потрібна вам небезпечна функція чи щось інше?

— Фоміт

16

Функція пакету виживання R для отримання базової норми небезпеки є basehaz.

Тоді вам потрібно помножити його на різні щоб отримати конкретну ступінь небезпеки з урахуванням знайдених коефіцієнтів. $e^{\beta}$

Простий приклад може допомогти:

library(survival) #survival analysis
library(eha) #used for data 
data(oldmort) #create the data

# Create surv data set
mort <- Surv(time=oldmort$enter,time2=oldmort$exit,event=oldmort$event)

reg_fit <- coxph(formula=mort~oldmort$sex)
summary(reg_fit)

# Now get baseline curve
baseline <- basehaz(reg_fit)

# Draw baseline hazard (that's male)
plot(baseline$time, baseline$hazard, type='l',main="Hazard rates") 

# Draw female hazard
lines(baseline$time, exp(-0.1929)*baseline$hazard, col="blue")

копіюванні і вставці з підсумкових результатів регресії Кокса, , маючи на увазі , що жінки в даних мають показники небезпеки нижче , ніж у чоловіків. $\exp(-0.1929)=0.8245$ summary(reg_fit) $18\%$

— CarrKnight
джерело

13

Функція basehaz(з попередньої відповіді) забезпечує накопичувальну небезпеку , а не функцію небезпеки (швидкість). Я вважаю, що питання стосувалося функції небезпеки. Оцінка небезпечної функції потребує уточнення типу розгладження (наприклад, при оцінці щільності). Пакет MuhazR може зробити це для одного зразка даних. Я не знаю функції, яка може це зробити для базової небезпеки в моделі Кокса. Мені теж це потрібно. Думаю, мені доведеться самостійно згладжувати накопичувальну небезпеку.

— користувач21413
джерело