Ресурси для вивчення ланцюга Маркова та прихованих моделей Маркова

Я шукаю ресурси (навчальні посібники, підручники, веб-трансляція тощо), щоб дізнатися про Марківську ланцюжок та НММ. Моя професія - це біолог, і я зараз беру участь у проекті, пов'язаному з біоінформатикою.

Крім того, які необхідні математичні основи мені потрібні, щоб мати достатнє розуміння моделей Маркова та НММ?

Я роздивлявся, використовуючи Google, але поки що ще не знайшов хорошого вступного підручника. Я впевнений, що хтось тут знає краще.

Ось кілька навчальних посібників (доступні у форматі PDF):

1. Дугад і Дезай, навчальний посібник з прихованих моделей марків
2. Валерія Де Фонсо1, Філіппо Алуффі-Пентині2 та Валеріо Парисі (2007). Приховані Маркові моделі в біоінформатиці . Поточна біоінформатика , 2 , 49-61.
3. Сміт, К. Приховані Маркові моделі в біоінформатиці із застосуванням пошуку генів у людській ДНК

Також зверніть увагу на Bioconductor підручники.

Я припускаю, що ви хочете безкоштовних ресурсів; в іншому випадку, біоінформатика від Поланського та Кіммеля (Springer, 2007) дає хороший огляд (§2.8-2.9) та програми (частина II).

Є також дійсно гарна книга Олівера Каппе та ін. al: Висновок у прихованих моделях Маркова . Однак це досить теоретично і дуже легко в застосуванні.

Є ще одна книга з прикладами на R, але я не витримав - приховані Маркові моделі для часових рядів .

Ps Спільнота розпізнавання мовлення також має багато літератури на цю тему.

Цікаво дивно бачити, що жодна з відповідей не згадує навчальний документ про Рабінера про НММ.

Хоча практична реалізація (остання частина статті) орієнтована на розпізнавання мовлення, цей документ, мабуть, є найбільш часто цитованим у літературі HMM, завдяки його чіткому та добре представленому характеру.

Він починається з введення марківських ланцюгів, а потім переходить до НММ.

Для програм біоінформатики класичним текстом HMM буде Дурбін, Едді, Кро та Мічісон, "Аналіз біологічної послідовності - ймовірнісні моделі білків та нуклеїнових кислот", Cambridge University Press, 1998, ISBN 0-521-62971-3. Це технічно, але дуже зрозуміло, і я вважаю це дуже корисним.

Для MCMC існує недавня (версія) книги Роберта та Казелли " Представлення методів Монте-Карло з R" , Спрінгер, яка виглядає добре, але я ще не мав шансу прочитати її (використовує R для прикладів, це хороший спосіб вчитися, але мені потрібно спочатку вивчити R; o)

Вже приємні пропозиції, я хотів би додати наступні статті, що описують НММ з точки зору застосування в біології Шона Едді.

• Приховані Маркові моделі
• Профіль прихованих моделей Маркова
• Що таке прихована модель Маркова?

Я дізнався HMM, використовуючи чудову книгу Вальтера Цукіні та Іена Л. Макдональда

Приховані моделі Маркова для часових рядів: вступ із використанням R

Це дійсно добре і наводить приклади в Р.

Погляньте на (HMM) Панель інструментів для Matlab Кевіна Мерфі, а також розділ Рекомендовано прочитати HMM на цьому сайті.

Ви також можете отримати інструментарій імовірнісного моделювання для Matlab / Octave з деякими прикладами використання Марківських ланцюгів та HMM.

Ви також можете знайти лекції та лабораторії з HMM, наприклад:

• Лабораторії
• Лекція1 та Лекція2

Мої 2 копійки
Красиво пояснено і безкоштовно.

Підручник з моделей, теорій та застосувань прихованого Маркова
Університет Лідса

Ось кілька записок Рамона ван Генделя в Принстоні:

Цей курс є ознайомленням з деякими основними математичними, статистичними та обчислювальними методами для прихованих моделей Маркова.

Перший розділ містить приємний набір програм HMM з біології, фінансів, ...

Ось приємний інтерактивний вступ до ланцюгів Маркова http://setosa.io/ev/markov-chains/

Є лише 3 відео, які я вважаю дуже корисними для розуміння математики за прихованими моделями Маркова -

https://www.youtube.com/watch?v=E3qrns5f3Fw
https://www.youtube.com/watch?v=cjlhpaDXihE
https://www.youtube.com/watch?v=5sGEF-e82yY

Це справді добре і викладає один з кращих індійських професорів з IIT крг.