Що легко інтерпретувати, корисність придатних заходів для лінійних моделей зі змішаними ефектами?


37

Зараз я використовую пакет Rme lme4 .

Я використовую лінійні моделі змішаних ефектів із випадковими ефектами:

library(lme4)
mod1 <- lmer(r1 ~ (1 | site), data = sample_set) #Only random effects
mod2 <- lmer(r1 ~ p1 + (1 | site), data = sample_set) #One fixed effect + 
            # random effects
mod3 <- lmer(r1 ~ p1 + p2 + (1 | site), data = sample_set) #Two fixed effects + 
            # random effects

Для порівняння моделей я використовую anovaфункцію та розглядаю відмінності AIC щодо найнижчої моделі AIC:

anova(mod1, mod2, mod3)

Сказане вище чудово для порівняння моделей.

Однак мені також потрібен простий спосіб інтерпретувати корисність відповідних заходів для кожної моделі. Хтось має досвід таких заходів? Я провів декілька досліджень, і є журнальні статті на R у квадраті для фіксованих ефектів змішаних ефектів:

  • Cheng, J., Edwards, LJ, Maldonado-Molina, MM, Komro, KA, & Muller, KE (2010). Справжній поздовжній аналіз даних для реальних людей: Створення досить хорошої змішаної моделі. Статистика в медицині, 29 (4), 504-520. doi: 10.1002 / sim.3775
  • Edwards, LJ, Muller, KE, Wolfinger, RD, Qaqish, BF, & Schabenberger, O. (2008). Статистика R2 для фіксованих ефектів у лінійній змішаній моделі. Статистика в медицині, 27 (29), 6137-6157. doi: 10.1002 / sim.3429

Однак видається, що є певна критика щодо використання таких заходів, як запропоновані у вищезазначених документах.

Чи не може хтось запропонувати кілька простих для тлумачення, корисність відповідних заходів, які можуть застосовуватися до моїх моделей?


2
Мені дуже подобається питання, але використання тестів на коефіцієнт ймовірності для визначення необхідності фіксованих ефектів не є рекомендованою стратегією, дивіться faq . Тому вищезгадане не підходить для порівняння моделей.
Генрік

Дякую Генріку. Перелічені вами поширені запитання дуже корисні. Схоже, відбір проб у Марківському ланцюгу Монте-Карло міг би стати хорошою стратегією для порівняння моїх моделей.
mjburns

1
Проблема MCMC полягає в тому, що ви можете мати лише прості випадкові ефекти (як у вашому прикладі). Я б пішов з наближенням kenward-rogers до ступеня свободи, оскільки це стосується і більш складних моделей. Подивіться на функцію mixed()в моєму пакеті afex ( версія для розробки також має параметричний завантажувальний пристрій ). Дивіться тут декілька посилань .
Генрік

ОК Генрік. Мені вдалося змусити вашу змішану функцію () працювати з пакету afex. Чи можете ви порадити, як я можу використовувати afex для порівняння моделей? Який мір (и) я міг би використати, щоб вирішити, чи є одна модель більш правдоподібною, ніж інша? Спасибі.
mjburns

На це не легко відповісти, можливо, ви задаєте окреме запитання, де даються більше деталей. Але коротко, afex намагається допомогти вам оцінити, чи певні ефекти (або кращі моделі, включаючи цей ефект) значущі. Для цього він використовується KRmodcompз пакету pbkrtest. Ви також можете використовувати KRmodcompбезпосередньо для порівняння моделей.
Генрік

Відповіді:


3

Для лінійних змішаних моделей немає нічого такого, як просто інтерпретувати корисність міри підгонки :)

Випадковий ефект підходить (mod1) можуть бути виміряні ICCта ICC2(співвідношення між дисперсією враховується випадковими ефектами і залишкової дисперсією). Психометричний пакет R включає функцію вилучення їх з об'єкта lme.

Можна використовувати R2для оцінки фіксованого ефекту (mod2, mod3), але це може бути хитро: Коли дві моделі показують схожий R2, то може бути випадок, що одна є "точнішою", але це замасковано її фіксованим фактором " віднімання "більшої дисперсійної складової до випадкового ефекту. З іншого боку, легко інтерпретувати більший R2 моделі вищого порядку (наприклад, mod3). У главі Бааєна про змішані моделі є приємна дискусія з цього приводу. Крім того, це підручник дуже зрозумілий.

Можливе рішення - розглянути кожен variance componentсамостійно, а потім використовувати їх для порівняння моделей.


1
Чи можете ви сказати нам, на яку посилання ви звертаєтесь, говорячи про главу Бааєна?
KH Кім

так, посилання порушено!
Цікаво

Я знайшов це цитування, не впевнений, чи це все, але не можу дістати PDF де-небудь: BaayenR. Х., Аналіз лінгвістичних даних: Практичне введення до статистики за допомогою Р. Кембриджа: Cambridge University Press, 2008. Ст. 368. ISBN-13: 978-0-521-70918-7. - Том 37 Випуск 2 - Гжегож Краєвський, Даніель Меттьюз
Цікаво

1
Давайте, хлопці. Де ваш google-foo? Зробіть пошук на "baayenCUPstats.pdf: перший удар: sfs.uni-tuebingen.de/~hbaayen/publications/baayenCUPstats.pdf
DWin
Використовуючи наш веб-сайт, ви визнаєте, що прочитали та зрозуміли наші Політику щодо файлів cookie та Політику конфіденційності.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.