Функція огляду графічних даних (резюме) в R


39

Я впевнений, що раніше я стикався з такою функцією в пакеті R, але після обширного гуглінгу я не можу знайти його ніде. Функція, про яку я думаю, створила графічний підсумок для заданої йому змінної, даючи вихід з деякими графіками (гістограмою, можливо, графікою коробки та вуса) та деяким текстом, що дає деталі, такі як середнє значення, SD та ін.

Я впевнений, що ця функція не була включена в базовий R, але я не можу знайти пакет, який я використав.

Хтось знає про таку функцію, і якщо так, то в якому пакеті вона є?

Відповіді:


25

У пакеті Hmisc Френка Харрелла є основна графіка з опціями для анотації: ознайомтеся з summary.formula()відповідними plotфункціями обгортання. Мені також подобається describe()функція.

Для отримання додаткової інформації подивіться бібліотеку Hmisc або Вступ до S-Plus та бібліотеки Hmisc та дизайну .

Ось деякі фотографії взяті з он-лайн допомоги ( bpplt, describe, і plot(summary(...))): alt текст alt текст alt текст

Багато інших прикладів можна переглядати в режимі онлайн на ручному R Graphical см Hmisc (і не пропустіть еф ).


Ці функції є у ​​пакеті Hmisc, а не в дизайні. Дякуємо, що опублікували це.
Френк Харрелл

Два з трьох ланок вниз.
Відмовлено

15

Я настійно рекомендую графік функцій. Зв'язки в пакеті PerformanceAnalytics . Він пакує дивовижну кількість інформації в один графік: графіки щільності ядра та гістограми для кожної змінної, а також розсіювачі, зменшення рівних рівнів та кореляції для кожної пари змінної. Це одна з улюблених функцій зведення графічних даних:

library(PerformanceAnalytics)
chart.Correlation(iris[,1:4],col=iris$Species)

Я люблю цю діаграму!


2
+1, FWIW ,? Scatterplot.matrix в автомобільному пакеті дасть вам подібний сюжет (без / різниць, наприклад, без одиниць та зірок).
gung - Відновіть Моніку

@gung Це відмінна функція, дякую за підказку.
Зак

5

Я вважаю цю функцію корисною ... оригінальною ручкою автора є дихальний клуб .

Ось приклад результату

f_summary <- function(data_to_plot)
{
## univariate data summary
require(nortest)
#data <- as.numeric(scan ("data.txt")) #commenting out by mike
data <- na.omit(as.numeric(as.character(data_to_plot))) #added by mike
dataFull <- as.numeric(as.character(data_to_plot))

# first job is to save the graphics parameters currently used
def.par <- par(no.readonly = TRUE)
par("plt" = c(.2,.95,.2,.8))
layout( matrix(c(1,1,2,2,1,1,2,2,4,5,8,8,6,7,9,10,3,3,9,10), 5, 4, byrow = TRUE))

#histogram on the top left
h <- hist(data, breaks = "Sturges", plot = FALSE)
xfit<-seq(min(data),max(data),length=100)
yfit<-yfit<-dnorm(xfit,mean=mean(data),sd=sd(data))
yfit <- yfit*diff(h$mids[1:2])*length(data)
plot (h, axes = TRUE, main = paste(deparse(substitute(data_to_plot))), cex.main=2, xlab=NA)
lines(xfit, yfit, col="blue", lwd=2)
leg1 <- paste("mean = ", round(mean(data), digits = 4))
leg2 <- paste("sd = ", round(sd(data),digits = 4))
count <- paste("count = ", sum(!is.na(dataFull)))
missing <- paste("missing = ", sum(is.na(dataFull)))
legend(x = "topright", c(leg1,leg2,count,missing), bty = "n")

## normal qq plot
qqnorm(data, bty = "n", pch = 20)
qqline(data)
p <- ad.test(data)
leg <- paste("Anderson-Darling p = ", round(as.numeric(p[2]), digits = 4))
legend(x = "topleft", leg, bty = "n")

## boxplot (bottom left)
boxplot(data, horizontal = TRUE)
leg1 <- paste("median = ", round(median(data), digits = 4))
lq <- quantile(data, 0.25)
leg2 <- paste("25th percentile =  ", round(lq,digits = 4))
uq <- quantile(data, 0.75)
leg3 <- paste("75th percentile = ", round(uq,digits = 4))
legend(x = "top", leg1, bty = "n")
legend(x = "bottom", paste(leg2, leg3, sep = "; "), bty = "n")

## the various histograms with different bins
h2 <- hist(data,  breaks = (0:20 * (max(data) - min (data))/20)+min(data), plot = FALSE)
plot (h2, axes = TRUE, main = "20 bins")

h3 <- hist(data,  breaks = (0:10 * (max(data) - min (data))/10)+min(data), plot = FALSE)
plot (h3, axes = TRUE, main = "10 bins")

h4 <- hist(data,  breaks = (0:8 * (max(data) - min (data))/8)+min(data), plot = FALSE)
plot (h4, axes = TRUE, main = "8 bins")

h5 <- hist(data,  breaks = (0:6 * (max(data) - min (data))/6)+min(data), plot = FALSE)
plot (h5, axes = TRUE,main = "6 bins")

## the time series, ACF and PACF
plot (data, main = "Time series", pch = 20, ylab = paste(deparse(substitute(data_to_plot))))
acf(data, lag.max = 20)
pacf(data, lag.max = 20)

## reset the graphics display to default
par(def.par)

#original code for f_summary by respiratoryclub

}

2
Я щойно оновив код, щоб він повідомив про дійсне / відсутнє n, а потім пропускає пропущені значення для функцій, які були порушені відсутніми значеннями.
Михайло Єпископ

4

Я не впевнений, чи це ви думали, але ви, можливо, захочете перевірити пакунок fitdistrplus . У ньому є безліч приємних функцій, які автоматично генерують корисну підсумкову інформацію про ваш дистрибутив і складають сюжети з деякою інформацією. Ось кілька прикладів віньєтки :

library(fitdistrplus)
data(groundbeef)
windows()              # or quartz() for mac
  plotdist(groundbeef$serving)  

введіть тут опис зображення

windows()
> descdist(groundbeef$serving, boot=1000)
summary statistics
------
min:  10   max:  200 
median:  79 
mean:  73.64567 
estimated sd:  35.88487 
estimated skewness:  0.7352745 
estimated kurtosis:  3.551384 

введіть тут опис зображення

fw = fitdist(groundbeef$serving, "weibull")

>summary(fw)
Fitting of the distribution ' weibull ' by maximum likelihood 
Parameters : 
       estimate Std. Error
shape  2.185885  0.1045755
scale 83.347679  2.5268626
Loglikelihood:  -1255.225   AIC:  2514.449   BIC:  2521.524 
Correlation matrix:
         shape    scale
shape 1.000000 0.321821
scale 0.321821 1.000000

fg  = fitdist(groundbeef$serving, "gamma")
fln = fitdist(groundbeef$serving, "lnorm")
windows()
  plot(fw)

введіть тут опис зображення

windows()
  cdfcomp(list(fw,fln,fg), legendtext=c("Weibull","logNormal","gamma"), lwd=2,
          xlab="serving sizes (g)")

введіть тут опис зображення

>gofstat(fw)
Kolmogorov-Smirnov statistic:  0.1396646 
Cramer-von Mises statistic:  0.6840994 
Anderson-Darling statistic:  3.573646 

1

Дослідити набір даних мені дуже подобається rattle. Встановіть пакет і просто зателефонуйте rattle(). Інтерфейс цілком пояснює себе.


rattle вимагає XML, який не підтримується для Windows (і недоступний у двійковій системі Windows) :-(. cran.r-project.org/web/packages/XML/index.html
whuber

@whuber: шкода! це досить акуратний пакет
Ніко

2
@whuber @nico Zip-файл для XML можна знайти, наприклад, на сайті stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/2.13 (і подібно для деяких інших версій). З цим є й інші проблеми, але зрештою, здається, це спрацює
Генрі

0

Можливо, ви шукаєте бібліотеку ggplot2, яка дає змогу досить чітко побудувати речі. Або ви можете перевірити цей веб-сайт, який, як видається, містить багато графічних утиліт http://addictedtor.free.fr/graphiques/


0

Напевно, це не зовсім те, що ви шукаєте, але функція pair.panels () в психічному пакеті для R може виявитися корисною. Він дає вам значення кореляції у верхній діагоналі, лесових лініях та точках у нижній діагоналі та показує гістограму балів кожної змінної у діагональній лінії матриці. Я особисто вважаю, що це один з найкращих графічних підсумків даних навколо.


0

Мій улюблений - DescTools

library(DescTools)
data("iris")
Desc(iris, plotit = T)

Що створює серію таких сюжетів:

введіть тут опис зображення введіть тут опис зображення і відображає серію описових значень (включаючи середнє, середнє SE, медіану, відсотки, діапазон, sd, IQR, значення косості та куртозу): введіть тут опис зображення

Крім того, tabplot також дуже хороший для графічного огляду.

Він створює фантазійні сюжети з tableplot(iris, sortCol=Species)

введіть тут опис зображення

Існує навіть версія D3 tabplot, тобто tabplotd3 .

Використовуючи наш веб-сайт, ви визнаєте, що прочитали та зрозуміли наші Політику щодо файлів cookie та Політику конфіденційності.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.