Реверсивний код стрибка MCMC (Matlab або R)

14

Хтось знає якийсь добре написаний код (у Matlab або R) для оборотного стрибка MCMC? Переважно простий демонстраційний додаток для компліментарних робіт на цю тему, що було б корисно для розуміння процесу.

r matlab references mcmc

— Нік
джерело

Там обговорювалося, як додати реверсивний стрибок MCMC до OpenBUGS на сторінці 288 Книги BUGS та WinBUGS, я вважаю, є модулем Jump. Хтось чув про подібну розробку для JAGS? Чи є якийсь спосіб написання коду JAGS, щоб отримати ефект від різної розмірності? Це просто питання визначення розмірів, більших, ніж потрібно?

— Ян Гальковський

12

RJMCMC був представлений Пітером Гріном у статті 1995 року, що є класикою цитування. Він написав програму Fortran під назвою AutoRJ для автоматичного RJMCMC; його сторінка на цьому посиланні на програму C AutoMix Девіда Хасті . Перелік вільно доступного програмного забезпечення для різних алгоритмів RJMCMC в таблиці 1 статті 2005 року Скотта Сіссона . Пошук Google також виявляє псевдокод групи з університету в Глазго, який може бути корисним для розуміння принципів, якщо ви хочете запрограмувати його самостійно.

— одна зупинка
джерело

7

Книга Байєсового аналізу для екології населення Кінга та ін. описує RJMCMC в контексті екології населення. Я знайшов там опис дуже зрозумілим, і вони надають код R у додатку.

У книзі також є пов’язана веб-сторінка , але частина коду, знайденого в книзі, відсутня на веб-сайті.

— csgillespie
джерело

вони надають код WinBUGS для RJMCMC? Отже, WinBUGS здатний RJMCMC?

— Цікаво

1

@Tomas Хтось відредагував мою відповідь і змінив R на WinBUGS. Як я пам’ятаю, книга надає код R.

— csgillespie

Дякую. (+1) Btw, чи вважаєте Ви RJMCMC корисним для екології населення? Я ще не знайшов жодного прикладу, де це може бути корисним. Я завжди можу використовувати розширення даних, наприклад, зі стандартним MCMC, і це робить для мене роботу. Зауважте, що у мене немає книги .. це добре?

— Цікаво

@Tomas У книзі використовується RJMCMC для вибору моделі. Я знайшов опис дуже приємним. Мені потрібно було використовувати RJMCMC при гніві.

— csgillespie

"в гніві" ?? Що ви маєте на увазі?

— Цікаво

1

Просто додайте одну деталь до відповіді @ onestop: Я вважаю, що програмне забезпечення C, випущене Олів'є Каппе (CT / RJ MCMC), дуже корисне для розуміння алгоритму зворотного переходу MCMC (зокрема, як розробити ймовірності для народження-смерті та розбиття- злиття рухається). Посилання на вихідний код: http://perso.telecom-paristech.fr/~cappe/Code/CTRJ_mix/ About/

— Сянджу
джерело

1

Jailin Ai представляє досить приємну презентацію RJ MCMC разом (хоча це дуже близько до оригінальної статті Гріна) з супроводжуючим кодом R як частини його магістерської роботи в Leeds. Наводиться також глибокий приклад проблем зміни точок, які також включені в статтю Гріна 1995 року.

Знайдіть тезу та код тут:

http://www1.maths.leeds.ac.uk/~voss/projects/2011-RJMCMC/

— Джек О'Брайен
джерело

0

Nando de Freitas надає демонстрацію використання алгоритму MCMC з оборотним стрибком для оцінки параметрів нейронної мережі. Ця модель розглядає кількість нейронів, параметри моделі, параметри регуляризації та параметри шуму як випадкові величини, що підлягають оцінці.

Код та списання доступні тут: http://www.cs.ubc.ca/~nando/software.html

— Вадим Смоляков
джерело