Наступний сценарій став найбільш поширеним запитанням у трійці слідчого (I), рецензента / редактора (R, не пов’язаного з CRAN) і мене (M) як творця сюжету. Можна припустити, що (R) - типовий медичний рецензент великого начальника, який знає лише, що кожен сюжет повинен мати панель помилок, інакше це неправильно. Якщо бере участь статистичний рецензент, проблеми є набагато менш критичними.
Сценарій
У типовому фармакологічному перехресному дослідженні перевіряють два препарати А та В на їх вплив на рівень глюкози. Кожного пацієнта проводять тестування двічі у випадковому порядку та при допущенні відсутності перенесення. Основна кінцева точка - різниця між глюкозою (BA), і ми вважаємо, що парний t-тест є адекватним.
(I) хоче графік, який показує абсолютний рівень глюкози в обох випадках. Він побоюється бажання (R) барів помилок і просить стандартних помилок у гістограмах. Давайте не розпочинаємо тут війн-графік ._)
(I): Це не може бути правдою. Прутки перекриваються, і у нас p = 0,03? Це не те, що я навчився у середній школі.
(М): У нас тут парний дизайн. Запрошені смужки помилок абсолютно не мають значення. Що враховує SE / CI парних відмінностей, які не показані на графіку. Якби у мене був вибір, а даних було не надто багато, я вважаю за краще наступний сюжет
Додано 1: Це паралельний графік координат, згаданий у кількох відповідях
(M): Рядки показують спарювання, і більшість ліній йде вгору, і це правильне враження, адже нахил - це те, що рахується (нормально, це категорично, але все-таки).
(Я): Ця картина заплутана. Ніхто цього не розуміє, і в ньому немає смужок помилок (R ховається).
(M): Ми також можемо додати ще один сюжет, який показує відповідний довірчий інтервал різниці. Відстань від нульової лінії створює враження розміру ефекту.
(Я): Ніхто цього не робить
(R): І вона марнує дорогоцінні дерева
(М): (Як хороший німець): Так, точка на деревах береться. Але я все-таки використовую це (і ніколи не публікую його), коли у нас є багаторазове лікування та кілька контрастів.
Будь-які пропозиції ? R-код знаходиться нижче, якщо ви хочете створити сюжет.
# Graphics for Crossover experiments
library(ggplot2)
library(plyr)
theme_set(theme_bw()+theme(panel.margin=grid::unit(0,"lines")))
n = 20
effect = 5
set.seed(4711)
glu0 = rnorm(n,120,30)
glu1 = glu0 + rnorm(n,effect,7)
dt = data.frame(patient = rep(paste0("P",10:(9+n))),
treatment = rep(c("A","B"), each=n),glucose = c(glu0,glu1))
dt1 = ddply(dt,.(treatment), function(x){
data.frame(glucose = mean(x$glucose), se = sqrt(var(x$glucose)/nrow(x)) )})
tt = t.test(glucose~treatment,paired=TRUE,data=dt,conf.int=TRUE)
dt2 = data.frame(diff = -tt$estimate,low=-tt$conf.int[2], up=-tt$conf.int[1])
p = paste("p =",signif(tt$p.value,2))
png(height=300,width=300)
ggplot(dt1, aes(x=treatment, y=glucose, fill=treatment))+
geom_bar(stat="identity")+
geom_errorbar(aes(ymin=glucose-se, ymax=glucose+se),size=1., width=0.3)+
geom_text(aes(1.5,150),label=p,size=6)
ggplot(dt,aes(x=treatment,y=glucose, group=patient))+ylim(0,190)+
geom_line()+geom_point(size=4.5)+
geom_text(aes(1.5,60),label=p,size=6)
ggplot(dt2,aes(x="",y=diff))+
geom_errorbar(aes(ymin=low,ymax=up),size=1.5,width=0.2)+
geom_text(aes(1,-0.8),label=p,size=6)+
ylab("95% CI of difference glucose B-A")+ ylim(-10,10)+
theme(panel.border=element_blank(), panel.grid.major.x=element_blank(),
panel.grid.major.y=element_line(size=1,colour="grey88"))
dev.off()
