Налаштування Sweave, R, Latex, Eclipse StatET [закрито]

Кілька днів тому я побачив публікацію про те, як налаштувати SweaveR, який дозволить користувачу безпосередньо експортувати такі речі, як таблиці, графіки тощо, в Latex. Я не міг повністю виконувати вказівки.

Хто-небудь може дати покрокові інструкції, як це зробити на обох, Mac і Windows?

Я використовую Eclipse / StatEt для створення документа за допомогою Sweave та LaTex, і вважаю Eclipse ідеальним як середовище редагування. Я можу порекомендувати наступні посібники:

• Довідник PDF у форматі Lamhow
• Повідомлення Джеромі Англіма (Зверніть увагу, це включає інформацію про встановлення пакету RJ, необхідного для останніх версій StatEt.)

Я також використовую MikTex у Windows, і після встановлення виявляю, що все працює дуже добре. Також є кілька хороших запитань та відповідей щодо Stack Overflow .

Для мене я виявив, що Eclipse є надмірним для створення наукових праць. Отже, для Windows, що я зробив, було наступне: Встановити Miktex 2.8 (не впевнений у версії). Переконайтесь, що ви встановите Miktex у такий каталог, як C: \ Miktex, оскільки Latex ненавидить шляхи до файлів із пробілами. Переконайтесь, що виберіть опцію для встановлення пакетів на льоту.

Також переконайтесь, що R встановлено десь, щоб Latex міг його знайти, тобто на шляху без пробілів. Я встановив TechNix центр як свою програму для написання документів, але є багато інших, таких як WinEdt, eclipse, texmaker або, власне, Emacs. Тепер переконайтеся, що у вашій преамбулі є \ usepackage {Sweave} та usepackage {graphicsx}. Як я впевнений, ви знаєте, вам потрібно поставити <> = на початку вашої R-шматки і закінчити її на @. Для перетворення об'єктів R у формат латексу вам знадобиться або пакет xtable, або Hmisc.

Мені подобається xtable, але вам, мабуть, потрібно буде зробити трохи жонглювання об'єктами, щоб перетворити його у форму, яку прийме xtable (lm виходи, кадри даних, матриці). Коли ви вставляєте таблицю, переконайтеся, що ви ставите параметр result = tex у свою преамбулу для фрагмента коду, а якщо вам потрібна цифра, переконайтеся, що параметр fig = TRUE також присутній. Ви також можете генерувати лише одну фігуру за шматок, тому майте це на увазі. Що слід бути дуже обережним, це те, що код R знаходиться в крайній лівій частині сторінки, наче він укладений у середовищі, тоді він буде ігнорований (для цього знадобилося багато часу).

Вам потрібно зберегти файл у форматі .Rnw - переконайтесь, що будь-яка текстова програма, яку ви використовуєте, після цього не додає .tex, оскільки це спричинить проблеми.

Потім або запустіть R CMD Sweave foo.Rnw з командного рядка, або зсередини R запустіть Sweave ("foo.Rnw"). Вона неминуче в якийсь момент вийде з ладу (особливо якщо ви цього не робили раніше), тому просто налагодите файл .Rnw, промийте та повторіть.

Якщо ви це зробите вперше, можливо, буде простіше кодувати всі R-аналізи зсередини r, а потім використовувати оператори друку, щоб вставити їх у LaTex. Я б не рекомендував це як гарну ідею, як якщо б ви виявили, що у вашому файлі даних є помилки наприкінці цієї процедури (як я це робив минулі вихідні), тоді вам потрібно буде повторно виконати всі ваші аналізи, які, якщо ви зможете належним чином з латексу з початку, можна уникнути.

Крім того, обчислення Sweave може зайняти деякий час, тому, можливо, ви захочете використовувати cacheSweave пакета R для збереження повторних аналізів. Мабуть, виділення пакету R дозволяє кольорове кодування R-коду в документах, але я цього не використовував.

Я ніколи не використовував латекс або R на Mac, тому я залишу це пояснення комусь іншому. Сподіваюсь, це допомагає.

RStudio (rstudio.org) робить все досить легким, якщо LaTeX вже встановлений у вашій системі. Існує кнопка PDF, яка запускає код через Sweave, потім запускає його через pdflatex та запускає переглядач PDF.

Я встановив цей набір зовсім недавно і дотримувався інструкцій, наведених тут .

Є посилання на всі необхідні компоненти програмного забезпечення. Я використовую MiKTex для всіх компонентів LaTex.

Є кілька підводних каменів, якщо ви плануєте використовувати 64-бітні вікна, оскільки вам знадобиться додаткове 64-розрядне виконання Java. Це досить легко подолати, якщо ви перейдете на java.com в 64-розрядний IE і перевірте свою установку, це вкаже на 64-розрядний інсталятор, який інакше важко знайти.

Щоб уникнути збитків із змінними шляху, я просто витягнув папку затемнення у програмі C: \ Program Files, оскільки тут живе Java та 64-розрядний R. Звідси параметри конфігурації у затемненні легко запускаються автоматично та знаходять відповідні параметри.

Я сподіваюся, що це допомагає.