Який статистичний тест слід використовувати для тестування на збагачення списку генів?

Я провів експеримент, щоб перевірити клітинну чутливість до певного агента пошкодження ДНК. Ми знайшли 270 генів, які були особливо чутливими до препарату, і загальна кількість аналізованих генів становила 3668. 38 з 270 чутливих генів класифікуються як "гени відновлення ДНК". Якщо кількість "генів відновлення ДНК", що містяться в геномі, становить 112, а загальна кількість генів у геномі становить 3668, чи збагачуються чутливі гени в репараційних генах ДНК? Який статистичний тест слід використовувати? Буду вдячний, якщо ви також можете сказати мені якийсь інструмент для розрахунку значення р в Інтернеті.

Стандартна практика для перевірки на збагачення списків генів - це зробити гіпергеометричний тест або, що рівнозначно, однобічний точний тест Фішера . У вас є дій у випадку :$2\times2$

Ви можете провести тест Rнаступним чином:

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

Що дає дуже значний результат:

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

Зауважте, що при тестуванні на предмет надмірного представлення (а не на недостатнє представлення) alternativeпараметр встановлюється "greater".