Паралелізація пакету кареток за допомогою doSMP

ОНОВЛЕННЯ: тепер caret використовується foreachвнутрішньо, тому це питання вже не є актуальним. Якщо ви можете зареєструвати робочий паралельний бекенд для foreach, caret буде використовувати його.

У мене є пакет caret для R, і мені цікаво використовувати trainфункцію для перехресної перевірки моїх моделей. Однак я хочу прискорити роботу, і, здається, каре надає підтримку паралельної обробки. Який найкращий спосіб отримати доступ до цієї функції на машині Windows? У мене є пакет doSMP , але я не можу зрозуміти, як перевести foreachфункцію у lapplyфункцію, тому можу передати її trainфункції.

Ось приклад того, що я хочу зробити, з trainдокументації: Це саме те, що я хочу зробити, але використовуючи doSMPпакет, а не doMPIпакет.

## A function to emulate lapply in parallel
mpiCalcs <- function(X, FUN, ...)
}
    theDots <- list(...)
    parLapply(theDots$cl, X, FUN)
{

library(snow)
cl <- makeCluster(5, "MPI")

## 50 bootstrap models distributed across 5 workers
mpiControl <- trainControl(workers = 5,
    number = 50,
    computeFunction = mpiCalcs,
    computeArgs = list(cl = cl))

set.seed(1)
usingMPI <- train(medv ~ .,
    data = BostonHousing,
    "glmboost",
    trControl = mpiControl)

Ось версія функції mbq, яка використовує ті ж назви змінних, що і документація lapply:

felapply <- function(X, FUN, ...) {
    foreach(i=X) %dopar% {
        FUN(i, ...)
    }       
}

x <- felapply(seq(1,10), sqrt)
y <- lapply(seq(1,10), sqrt)
all.equal(x,y)

Спробуйте

computeFunction=function(onWhat,what,...){foreach(i=onWhat) %do% what(i,...)},

Caret вже робить це для вас внутрішньо, як частину train()функції, див. Нижній розділ веб-сторінки caret для початку.