OpenBugs проти JAGS

41

Я збираюся випробувати середовище стилю BUGS для оцінки байесівських моделей. Чи є якісь важливі переваги, які слід врахувати при виборі між OpenBugs або JAGS? Чи одна ймовірність замінити іншу в осяжному майбутньому?

Я буду використовувати обраний Gibbs Sampler з R. У мене ще немає конкретного додатку, але я швидше вирішую, до чого вступити та навчитися.

— DanB
джерело

3

подібне запитання: stats.stackexchange.com/q/33315/5509

— цікаво

34

BUGS / OpenBugs має своєрідну систему побудови, яка зробила складання коду важким неможливим для деяких систем - наприклад, Linux (та IIRC OS X), де людям довелося вдаватися до емуляції Windows тощо.

З іншого боку, Jags - це абсолютно новий проект, написаний зі стандартними інструментами GNU і, отже, переносний майже де завгодно - і тому його можна використовувати в будь-якому місці.

Отже, якщо коротко, якщо у вашій системі Windows, то у вас є вибір і потенційна ціна причепитися до помилок, якщо ви коли-небудь переїдете. Якщо ви не в Windows, то кращий вибір, швидше за все, стане Jags.

— Дірк Еддельбуеттель
джерело

6

Під емуляцією вікна Linux не потрібно, спільна бібліотека може бути використана безпосередньо. Тільки GUI не працює таким чином, але це не повинно бути проблемою для DanB, оскільки вони хочуть викликати його від R.

— GaBorgulya

1

@GaBorgulya Незважаючи на те, що якби я обирав між двома інструментами, я вибрав би той інструмент, який повністю працював на вибраній вами системі.

— Фоміт

1

В даний час пакет BRugs не підтримується на 64-бітному Linux, як зазначено в документації, і це може призвести до таких проблем, як те, з яким я зіткнувся з C, не вдалося скласти при спробі з'ясувати, як використовувати plot.coda з mcmc.list вихід з rjags у двох питаннях на цьому веб-сайті та SO, які залишаються без відповіді.

— Девід Лебоуер

13

Для тих, хто знайде це питання в дорозі: тепер є також Стен . Стен може одного дня замінити OpenBUGS та JAGS, але він ще не підтримує всіх аналізів, які роблять ці інші пакети.

— Джек Таннер
джерело

4

Майже через рік я думав, що прокоментую це. Розробники здаються відданими, і те, що вони планують додавати до нього (варіативний висновок!), Все вказує на Стен неминуче замінюючи OpenBUGS та JAGS. Попри це, я зараз не вірю в це, і тепер би використовував його лише тоді, коли JAGS не є варіантом. Здається, потрібне більше налаштування, щоб отримати розумні результати у складних проблемах, а не менше. Стен взагалі не використовує вибірки Гіббса, і для проблем, де я знаю, що Гіббс буде працювати, я не можу виправдати його використання. Я думаю, що в майбутньому ці питання будуть вирішені.

— хлопець

1

@MattTagg Я не думаю, що моя оцінка змінилася, але я не експерт. Я багато використовував його і ставав кращим, але я не встиг за всіма їхніми розробками. Є купа моделей, де я хотів би змішати NUTS з простими оновленнями відбору проб Гіббса (поєднанням JAGSі STANпо суті), але це, здається, не скоро на горизонті, STANхоча це, безумовно, можливо.

— хлопець

1

круто, добре знати спасибі. збирається розпочати роботу над новим виданням "Doing Bayesian Analysis Data" із прикладами, оновленими в JAGS та STAN.

— кавалькад

1

Перевірка назад, щоб побачити найновіші порівняння JAGS та STAN. Хто з них краще зараз, а який, швидше за все, буде кращим у майбутньому?

— itpetersen

Було розміщено питання з проханням допомогти перекласти модель помилок у стан: stackoverflow.com/questions/53809468/… . - будь-яка допомога буде дуже вдячна.

— Кранц

5

Я рекомендую вам пробивки над openbugs з причини швидкості. Я спробував обидві в системі Linux, і джеги набагато швидше.

— мра
джерело

3

це може бути проблематично, хоча ...

— Бен Болкер

5

Я вважаю, що джеги працюють більш гладко в Linux і простіші в налаштуванні, але в даний час він не підтримує просторові аналізи, які підтримує GeoBUGS. Отже, я використовую OpenBUGS.

— астаїни
джерело