Який тест для порівняння складу громади?

Сподіваюся, що це питання для новачків - це правильне питання для цього веб-сайту:

Припустимо, я хотів би порівняти склад екологічних спільнот на двох ділянках A, B. Я знаю, що на всіх трьох ділянках є собаки, коти, корови та птахи, тому я вибираю їх чисельність на кожній ділянці (у мене справді немає " очікуване "достаток для кожної тварини на кожній ділянці).

Якщо порахувати, скажімо, по п’ять від кожної тварини на кожній ділянці, то A і B дуже «схожі» (насправді вони «ті самі»).

Але якщо я знайду 100 собак, 5 котів, 2 корови та 3 птахи на ділянці А. 5 собак, 3 коти, 75 корів та 2 птахи на ділянці В. Тоді я б сказав, що ділянки А і В "не відрізняються" , хоча вони мають точно такий же видовий склад.

(Я читаю за показниками Соренсена та Брей-Кертіса, але виглядає так, що вони враховують лише відсутність / присутність собак, котів тощо, а не їх кількість).

Чи є статистичний тест для визначення цього?

Я погоджуся з тим, що було сказано, що Брей-Кертіс може впоратися з достатністю, а також наявністю / відсутністю, а також додати до суміші ще одну добру книгу: Аналіз екологічних співтовариств Маккуном та Грейс.

Є багато факторів, які слід враховувати, порівнюючи екологічні спільноти, і я не думаю, що існує єдиний тест, який зробить цю роботу. Доречність тесту багато в чому залежатиме від типу запитань, які ви задаєте про спільноти та характер вашого набору даних. Поширені підходи включають методи ординації, які розміщують сайти у багатовимірному таксоновому просторі. Однак якщо у вас справді є лише 2 сайти, це, ймовірно, не спрацює. Тести Мантеля співвідносять матрицю відстані на основі складу (наприклад, попарно відстань Брей-Кертіса на всіх ділянках) з матрицею відстані на основі інших потенційних факторів впливу. Найпростішим випадком може бути саме евклідова відстань між ділянками в просторі. Аналіз кластерних груп групує сайти відповідно до їх складу.

Загалом, я б скористався підходом до використання підмножини багатьох статистичних інструментів, описаних у будь-якій із вищезгаданих книг, щоб надати статистичний опис відмінностей між спільними громадами. Не існує єдиної міри різниці у складі спільноти, тому статистика використовується для синтезу багатовимірних даних у більш легко інтерпретованій формі.

EDIT: Я також просто подумав над цим документом, який досить чітко і ретельно викладає багато різних варіантів.

Anderson, MJ та ін. 2011. Навігація за різними значеннями бета-різноманіття: дорожня карта практикуючого еколога. Екологічні листи 14: 19-28

Якщо ви хочете перевірити цей гіотиз, ви можете скористатися Аналізом подібності (на основі Брей Кертіса або інших доступних), існує процедура з назвою ANOSIM, яка реалізована в програмному забезпеченні PRIMER. Можна зробити односторонній, вкладений або двосторонній аналіз. Інший (кращий) варіант - запустити кілька перестановочних аналіз дисперсій, приємна процедура доступна в звичайній програмі PERMANOVA (доступна за адресою http://www.stat.auckland.ac.nz/~mja/Programs.htm ) Після того, як ви провести тест на значущі відмінності між сайтами, ви можете простежити, щоб дізнатись, які види відповідають за спостережувані відмінності (звичайна програма IndVal або SIMPER). сподіваюся, що це допомагає

Оскільки ви згадуєте індекс Соренсена, вам здається, що вам потрібен показник несхожості, а не тест на несхожість. (Оцінка дасть числове значення, що вказує, наскільки вони відрізняються. Тест покаже, чи є різниця суттєвою із заданою ймовірністю.)

Гістограмою можна представити чисельність видів у кожному місці. Ця гістограма може бути нормалізована, якщо ви просто піклуєтесь про відносну чисельність (наприклад, що коти вдвічі більше, ніж собаки), або ненормалізована, якщо ви також дбаєте про абсолютну кількість.

Існує багато способів вимірювання несхожості гістограм. Деякі з популярних:

• Статистика статистики Chi
• Відстань L2
• Відстань перетину гістограми

Брей-Кертіс та інші подібні показники містять відмінності у чисельності видів. На додаток до Legendre та Legendre, я б також рекомендував книгу Чарльза Кребса «Екологічна метологія» (1999).