Сюжети для ілюстрації результатів лінійної моделі змішаного ефекту


13

Я аналізував деякі дані, використовуючи лінійне моделювання змішаних ефектів у Р. Я планую зробити плакат з результатами, і мені було просто цікаво, чи може хтось із досвідчених моделей зі змішаним ефектом запропонувати, які сюжети використовувати для ілюстрації результатів модель. Я думав про залишкові графіки, графік пристосованих значень проти початкових значень тощо.

Я знаю, що це дуже залежатиме від моїх даних, але я просто намагався відчути найкращий спосіб проілюструвати результати лінійних моделей зі змішаним ефектом. Я використовую пакет nlme в Р.

Дякую


3
Книга Пінхеро та Бейтса містить кілька прикладів. Ви можете подивитися на пункт 4.3, "Розгляд пристосованої моделі".
Серхіо

3
Ця нитка, ймовірно, може бути корисною також: Що було б наочним малюнком для лінійних змішаних моделей?
usεr11852

Відповіді:


22

Це залежить від вашої моделі, але, на мій досвід, навіть колегам, які не дуже добре розуміють моделі змішаних ефектів, дуже подобається, якщо ви плануєте прогнози з різними рівнями групування:

library(nlme)
fm2 <- lme(distance ~ age + Sex, data = Orthodont, random = ~ 1|Subject)

newdat <- expand.grid(Sex=unique(Orthodont$Sex),
                  age=c(min(Orthodont$age),
                            max(Orthodont$age)))

library(ggplot2)
p <- ggplot(Orthodont, aes(x=age, y=distance, colour=Sex)) +
  geom_point(size=3) +
  geom_line(aes(y=predict(fm2), group=Subject, size="Subjects")) +
  geom_line(data=newdat, aes(y=predict(fm2, level=0, newdata=newdat), size="Population")) +
  scale_size_manual(name="Predictions", values=c("Subjects"=0.5, "Population"=3)) +
  theme_bw(base_size=22) 
print(p)

введіть тут опис зображення


@ Роланд, дякую за вашу відповідь. Моя модель - лінійна модель змішаного ефекту, що містить незалежні та залежні змінні з деякими коваріатами.
John_dydx

@ Роланд, чи можу я просто запитати, чи fm2 <- lme(distance ~ age + Sex, data = Orthodont, random = ~ 1|Subject)те саме, що fm3 <- lme(distance ~ age*Sex, data = Orthodont, random = ~ 1|Subject) . Я намагаюся використовувати секс як коваріант для моделі.
John_dydx

age * Sex- це те саме, що age + Sex + age:Sex, наприклад, включає взаємодію.
Роланд

1
Так, звісно. Вам потрібно буде видалити colour=Sex.
Роланд

1
Так, але це основна функціональність ggplot2. Вивчіть документацію та навчальні посібники. Ви можете скористатися scale_colour_manual.
Роланд
Використовуючи наш веб-сайт, ви визнаєте, що прочитали та зрозуміли наші Політику щодо файлів cookie та Політику конфіденційності.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.