далі - з рукопису чернетки. Це працювало раніше, але нещодавнє оновлення Rsubread, здається, викликає проблеми (див. Моє запитання щодо біопровідника ). Добре - якщо ви використовуєте правильну версію R / Bioconductor, вона повинна працювати. І я сподіваюся, що поточна проблема буде вирішена в майбутньому.
Завантажте інсталятор Cygwin і починайте налаштування. Пройдіть через діалогове вікно, поки не зможете вибрати пакети, які ви хочете встановити. Виберіть наступні пакети на додаток до вибраного за замовчуванням (для бібліотек, що закінчуються на "-devel", двічі перевірте, чи вибрана також версія без "-devel").
- Архів:
- libbz2-devel: BZip файл де / компресор
- Devel:
- gcc-core: Колекція компілятора GNU (C, OpenMP)
- gcc-g ++: Колекція компілятора GNU (C ++)
- gcc-fortran: Колекція компіляторів GNU (Fortran)
- make: версія GNU утиліти «make»
- Терези:
- libcurl-devel: Бібліотека передачі файлів з кількома протоколами (розробка)
- libiconv-devel: реалізація Unicode iconv ()
- libicu-devel: Компонент інтернаціоналізації IBM для Unicode
- libintl-devel: Бібліотека часу інтернаціоналізації GNU
- liblzma-devel: бібліотека / компресор LZMA (розробка)
- libpcre-devel: Розробка бібліотеки регулярних виразів сумісних Perl
- libtirpc-devel: Порт бібліотеки НД RPC, незалежної від Sun
- libxml2-devel: бібліотека GNOME XML (розробка)
- zlib-devel: бібліотека Gzip de / компресія (розробка)
- Наука:
- R: R Мова статистичних обчислень
Після завершення установки Cygwin запустіть Cygwin, наберіть "R" і натисніть клавішу Enter, щоб запустити консоль R. Принаймні для вирівнювання коротких показань (тобто використання Rsubread) вам потрібно використовувати цю консоль. Зауважте, що пакети, встановлені в консолі Cygwin R, недоступні для будь-якої іншої рідної R-установки (тобто R, встановленої разом із інсталятором, доступним на cran.r-project.org ).
І добре - це повинно бути зрозуміло, щоб встановити Rsubread в Cygwin-R:
source("THE BIOCONDUCTOR LINK - yes, I'm not allowed to post more than 2 links")
biocLite()
biocLite("Rsubread")
З вищезазначеними кроками, ці пакети також працюватимуть:
biocLite(c("SRAdb", "Rsamtools", "biomaRt", "DESeq2", "edgeR", "limma"))