Ну, я думаю, що відповідь залежить від того, яким чином було розроблено додаток, який ви встановлюєте.
Чи правильно розміщувати всі створені користувачем дані у відповідних папках під профілем користувача, чи він призначений для універсального запуску (та зберігання створених користувачем даних у загальній структурі папок, таких як усі користувачі)?
Покладається він на ключі реєстру в профілі користувача (HKCU) чи покладається на загальний реєстр (наприклад, HKLM).
Чи потрібні адміністративні дозволи для виконання? (це може бути вагомою причиною для параметра "Просто для мене", якщо не-адміністратори не бачать програму).
Це лише пара питань, на які варто відповісти.
Взагалі, чи буде це проблема, якщо "Тільки для мене" вимкнено?
Залежно від відповідей на інші запитання (якщо припустити, що програма буде працювати нормально для будь-якого користувача), я думаю, це, мабуть, безпечно, але це також залежить від того, на яку операційну систему ви також встановлюєте.
Деякі з останніх ОС, такі як Vista, нахмурившись на певних конструкціях (наприклад, вимагаючи UAC для певної функціональності) або не дозволяють змінювати HKLM в реєстрі. Інакше кажучи, вам краще перевірити, чи програма буде добре працювати для всіх користувачів (включаючи не адміністраторів).