Поки ви завантажуєте файли за допомогою класичного FTP та відкриваєте / редагуєте файли лише у текстовому чи HTML-редакторі (немає функції WYSIWYG / перегляду!), Це абсолютно нешкідливо. Дивлячись на файл у текстовому редакторі не небезпечно, виконати його у браузері є.
Отримайте останні оновлення безпеки для браузера, який ви будете використовувати для перегляду сторінок - через оновлення Windows для IE або просто завантаживши останню версію Firefox, Chrome чи іншого. Я рекомендую Firefox через панель інструментів веб-розробників.
Щоб бути 100% безпечним під час редагування в редакторі WYSIWYG та для тестування очищених сторінок у веб-переглядачі (якщо у вас є місцевий тест Joomla), ви можете відключити комп'ютер від Інтернету під час редагування.
Для тестування сторінки, яку ви чистите, також рекомендуйте вимкнути JavaScript, наприклад, використовуючи панель інструментів веб-розробників у Firefox.
Крім того, що у фоновому режимі працює сканер вірусів - це не погана ідея.
Зауважте, що вам дійсно потрібно перевірити кожен ресурс на сайті, кожну сторінку HTML та файл JavaScript.
Однак не забудьте спочатку виправити актуальну проблему - вразливість, яка зробила ін’єкцію можливою! Я припускаю, що ви пишете, що це вже було відсортовано, але переконайтеся, що ви дізналися, де стався пролом.
Як мінімум, змініть усі паролі для всіх облікових записів, пов’язаних із веб-хостингом (FTP, Панель управління тощо).
Стаття в блозі Google для веб-майстрів Google Мій сайт зламаний - що тепер? це також добре читання. Тут також описано, як швидко переіндексувати сайт із Google.