По-перше, самі програми, ймовірно, матимуть варіанти, які дозволять вам сказати їм не запускатися при вході в систему чи завантаженні системи. Використовуючи цю функцію, як правило, найкраще, тому що багато програм також перевіряють їхні налаштування, і якщо їх налаштування говорять, що їх слід запускати при запуску Windows, вони перезавантажать себе, чи використовували ви автори, msconfig або будь-який інший інструмент.
Для тих програм, які не мають простого варіанту зупинити себе, я рекомендую CCleaner. Це дозволяє дуже легко відключити більшість програм запуску, приховавши деякі глибокі та критичні функції системи, які розкривають інші програми, такі як авторуни.