Відповіді:
Як сказав Скотт у коментарях, це тому, що COUNTIFSмає оцінювати всі умови true, а не будь-які (логічні AND, не логічні OR).
Він проходить через надані діапазони і перевіряє, чи відповідають вони наданим критеріям. У вашому рівнянні COUNTIFS(C3:D6,"Yes",D3:E6,"Yes")він проводить наступні 8 оцінок:
C3одно «Так» і D3 так само «Так»? Відповідь - ніC4одно «Так» і D4 так само «Так»? Відповідь - такC5одно «Так» і D5 так само «Так»? Відповідь - такC6одно «Так» і D6 так само «Так»? Відповідь - ніD3одно «Так» і E3 так само «Так»? Відповідь - ніD4одно «Так» і E4 так само «Так»? Відповідь - ніD5одно «Так» і E5 так само «Так»? Відповідь - такD6одно «Так» і E6 так само «Так»? Відповідь - такВикористовуючи позначення діаграми Венна, ви дивитесь на перетин (або AND, першу діаграму), а не з'єднання (або OR, другу діаграму):

C3:D6дорівнює "Так", а те саме відносне значення в блоці комірок 2x3 D3:E6дорівнює "Так". Це опрацювання їх парами (згідно зі списком у відповіді, C4 і D4 обидва рівні так, це перша клітина в обох блоках 2x3).
ANDне так.ORІ те й інше повинно бути правдою одночасно.