Ви не згадуєте, чи це працює як додаток X або консольний додаток.
Якщо це як консольний додаток, звичайно, його потрібно закрити. Ви позбулися його вводу / виводу, технічніше (псевдо), на якому він був. Це малоймовірно, що це ви мали на увазі, тому припустимо, ви говорите про додаток X.
nohupповинен працювати, не впевнений, чому це не так. Коли оболонка закривається, вона направляється SIGHUPна всі процеси в її групі процесів. nohup вказує команді ігнорувати SIGHUP.
Ви також можете спробувати setid, який відключає процес від групи процесів
alias emacs='setsid emacs'
Або додайте disownпісля&