Відповіді:
Сподіваючись, що це може бути корисним згідно з новою документацією на NerdTree.
// put this in your .vimrc
set wildignore+=*.pyc,*.o,*.obj,*.svn,*.swp,*.class,*.hg,*.DS_Store,*.min.*
// Nerdtree config for wildignore
let NERDTreeRespectWildIgnore=1