Ви не можете - виконання пакетного файлу із вбудованим командним рядком буде тримати вікно відкритим, поки не вийде пакетний файл.
Що ви можете зробити - це вжити заходів, щоб переконатися, що пакетний файл виходить максимально швидко. Якщо це можливо, змініть пакетний файл, щоб запустити будь-яку програму з startкомандою. За замовчуванням startповертається негайно, не чекаючи, коли програма вийде, тому пакетний файл буде продовжувати працювати і, імовірно, негайно вийти. У поєднанні з цим, змінивши ярлик, щоб запустити пакетний файл мінімізовано, і ви побачите лише спалах панелі завдань, навіть не побачивши вікно на екрані.
Одне застереження до цього полягає в тому, що якщо ви запускаєте програму в консольному режимі, в якій є багато інтерпретаторів скриптів, пакетний файл буде чекати виходу програми, а за допомогою startнересту з'явиться нове вікно консолі. У цьому випадку потрібно запустити інтерпретатор на базі Windows, а не консольний - не startпотрібно. Для Perl ви б бігли wperl.exeзамість perl.exe. Для Python це pythonw.exeзамість python.exe. Я завантажив старий дистрибутив Win32 Ruby rubyw.exe, який повинен робити те саме.
Остаточна можливість полягає у використанні стороннього інструменту для запуску командного рядка з прихованим вікном. Я чув про такі речі, але ніколи не використовував їх для використання, тому не знаю нічого, зокрема, щоб на вас вказати.