Відповіді:
Якщо вам також потрібно видалити файл із історії Mercurial , ось питання про stackoverflow про те, як це зробити: /programming/3558365/mercurial-remove-file-from-all-changesets/
Я вважаю, що ви можете просто проігнорувати їх, помістивши їх у файл .hgignore у папці.