Якщо у вас є один файл торрента, який два окремі люди завантажували в різних системах, і хочете донести те, що людина B завантажила в систему людини A, простою і очевидною річчю є просто скопіювати файли B безпосередньо в торент A і потім відновити торрент за системою людини A. Усі програми, які я використовую, мають сканувати файли, коли вони почнуть розбиратися, де вони знаходяться у файлі. Тому відновлення файлів не є проблемою.
Але - це допоможе вам лише у тому випадку, якщо торрент складався з декількох файлів, і людина B мала кількість повних файлів або кількість неповних файлів, які A не почала завантажувати.
Якщо ви перезаписуєте файли особи A з однойменними файлами від особи B, ви не будете "поєднувати" те, що вже завантажено між ними, ви будете там, де людина B залишилася з цим файлом.
Якщо ваш торрент просто дуже великий один файл, це вам не допоможе, ви просто переймете туди, де B залишилося завантаження.
Інакше загляньте в mergetorrent, як запропонував @Alexey Markov у коментарях. Я не використовував цю утиліту, але, здається, робиш те, що ти хочеш.