Мені потрібно було б бачити сценарій, щоб бути впевненим, але я підозрюю, що вам потрібно змінити сценарій, щоб використовувати WScript.Arguments колекцію insted відкриття діалогового вікна.
Тоді ви не можете робити те, що хочете. Принаймні не в пакетному файлі. Ви можете використовувати іншу мову сценаріїв, наприклад AutoIt або мову програмування, як C #, щоб захопити діалогове вікно і ввести інформацію, але не пакетний файл.