Взагалі кажучи, зовнішні диски не мають пропускної здатності для запуску програмного забезпечення так швидко, як ви могли б запустити його з внутрішнього диска вашого ноутбука. Тим не менш, існують багато так званих "портативних" версій програм, які можна запускати з зовнішніх дисків; PortableApps є найкращим ресурсом. Запуск Firefox таким чином, наприклад, дозволяє зберігати всі ваші закладки та налаштування від машини до машини.
Особисто я б не радив розбивати зовнішні диски на декілька розділів. З досвіду я завжди "витягую" один з розділів і забуваю витягти інший, перш ніж фізично відключити пристрій, що може призвести до втрати даних. Якщо ви менш відсутній розум, ніж я, хоча, вогонь :)
Ваша головна проблема, ймовірно, полягає в тому, яка файлова система використовувати, і вона багато в чому залежить від машин, з якими ви будете користуватися. Якщо ви будете використовувати його з Windows XP, Vista і 7 комп'ютерами, ви можете піти лише з використанням одного розділу і NTFS для максимальної надійності та продуктивності.
Інструменти розділення існують у Windows 2000 і пізніших версіях у розділі Адміністрування → Керування комп'ютером → Зберігання → Керування дисками. Якщо це не працює (рідко, але не нечувано), PartedMagic це безкоштовний, завантажувальний дистрибутив Linux з дуже простими у використанні інструментами графічного розбиття. Як і будь-які операції з жорстким диском, не забувайте резервне копіювання даних перш ніж намагатися що-небудь!