Так, і GnuPG, і комерційний PGP.com - це реалізація одного стандарту OpenPGP ; насправді, GnuPG був спеціально розроблений так, щоб він був сумісний з PGP.
Єдині відмінності, з якими ви можете зіткнутися:
Різні підтримувані алгоритми. Наприклад, GnuPG підтримує алгоритм шифрування Camellia, тоді як PGP.com - ні.
Це майже ніколи не є проблемою, однак, оскільки кожен сертифікат PGP ("ключ PGP") перераховує всі алгоритми, які підтримує програмне забезпечення власника (або точніше ті, які власник вважає за краще використовувати), тому відправник повідомлення завжди може вибрати підтримуваний один.
Різні химерності та відмінності в дійсно старих версіях PGP (особливо оригінальні випуски до того, як OpenPGP було стандартизовано). Однак і GnuPG, і PGP.com можуть легко читати (якщо не завжди пишуть) повідомлення у старих форматах.
tl; dr: Так, вони сумісні.