У мене була така ж проблема при роботі з EPUB-файлами.
У Windows 7 я виправив це за допомогою дивного трюку, коли я переконався, що я сортував усі файли, які збирався внести до zip, таким чином, щоб міметикувати файл зверху (сортуючи їх за розміром, як правило). Потім я переконався, що я позначив усі файли зверху вниз курсором, перш ніж надсилати їх у стиснуту (zip) папку (наприклад: https://support.microsoft.com/en-us/help/14200/ windows-сжати-распакувати-zip-файли ). Після цього я міг змінити ім’я та назву файлу на будь-який .epub.
Однак після оновлення до Windows 10 цей трюк більше не працював. На щастя, я знайшов інший спосіб. Спочатку ви надсилаєте потрібний файл вгорі (mimetype) в zip-файл в стиснуту (zip) папку. Переконайтеся, що це лише той файл. Тоді я беру інші файли, які я хочу зібрати (дві папки в моєму випадку), позначте їх курсором і перетягніть їх до щойно створеного файлу zip. Тоді Windows додасть нові файли до zip-файлу та збереже файл, який ви спочатку зопіювали.