Відповіді:
Виявив це: на новий апарат потрібно скопіювати лише файл гіперзонального БД 1 (у цьому випадку стара машина працює funambol 9 та нова funambol 10):
$FUNAMBOLHOME/tools/hypersonic/data/funambol.script
1 технічно це не файл DB, а набір команд sql для відновлення останнього стану БД, оскільки гіперзвуковий - це БД в пам'яті