Я зіткнувся з тією ж проблемою. Один файл, що містить непарні, один файл, що містить парні сторінки відсканованої книги. Я просто використовував вбудовану в Windows 7/8 / 8.1 можливість пакетного перейменування.
1) Розбийте сторінки кожного pdf назад на окремі файли для кожної сторінки таким чином, що одна папка містить усі непарні сторінки як окремі файли, а інша папка містить усі парні сторінки.
2) Масове / пакетне / масове перейменування файлів обох папок однаково. Просто виберіть усі файли у кожній папці та перейменуйте перший як a та натисніть клавішу Enter. При цьому файли у кожній з двох папок будуть пронумеровані як (1), a (2), a (3) ...
3) У папку з непарними сторінками скопіюйте всі файли та вставте їх безпосередньо в ту саму папку. При цьому він створює копії файлів із непарними сторінками, які будуть мати вигляд (1) - Копіювати
4) Перемістіть ці скопійовані файли у папку, що містить парні файли. Це сортує їх перед рівномірними файлами сторінок (до тих пір, поки файли будуть відсортовані за їх іменами).
5) Об’єднайте файли назад в один файл, просто дотримуючись нової схеми іменування.
Для об'єднання та розбиття файлів pdf я використав інструменти PdfIll, які доступні безкоштовно.