Файлові системи зберігають метаінформацію (інформацію про файли). FAT слідує за старою структурою, розробленою для малих дисків і низької пам'яті. Сучасні файлові системи можуть мати безліч додаткових функцій, резервного копіювання структур та більше інформації про самі файли (наприклад, дозволи).
Розмір кластера (розмір блоку) також є фактором. Це розмір одиниць, які можуть бути пов'язані з файлом. Якщо це, наприклад, 4k, тоді втрачається в середньому 2k на файл, оскільки FAT не матиме дозвіл обробляти деталі, менші за це. Розмір кластера за замовчуванням NTFS може бути меншим, ніж FAT32, що дає вам більшу базу даних про ці одиниці розподілу, що коштує більше місця в порівнянні з нерозподіленим розміром пристрою.
Кілька структур розподілено за замовчуванням, тому зрозуміло, що є різниця. Якщо ви почнете наповнювати накопичувач файлами, різниця може зрости ще більше - або NTFS може компенсувати цей спочатку втрачений простір, залежно від стилю, який ви використовуєте у файловій системі (кілька великих файлів / багато маленьких).