Проект https://reproducible-builds.org/ про все це і намагається зробити відповідь на ваше запитання "ні, вони не будуть відрізнятися" в якомога більшій кількості місць. В даний час NixOS та Debian відтворюють понад 90% відтворюваності своїх пакетів.
Якщо ви компілюєте двійковий файл, а я складаю двійкове, і вони біт-на-біт однакові, то я можу переконатись, що вихідний код та інструменти визначають вихід, і що ви не прокрадалися в деяких троянський код по дорозі.
Якщо ми поєднуємо відтворюваність із завантажувальною здатністю з людського читаного джерела, як http://bootstrappable.org/ працює над цим, ми отримуємо систему, визначену з нуля джерелом, зрозумілим для людини, і лише тоді ми знаходимось у точці, де ми можемо вірити, що ми знаємо, що робить система.