Команда tree -I 'node_modules' запобігає node_modules folder від появи на виході. Так само, tree -I 'app/ui/bower_components' запобігає app/ui/bower_components від появи на виході.
Однак, tree -I 'node_modules' -I 'app/ui/bower_components' не перешкоджає появі на виході. Натомість, він використовується останнім.
Отже, як ви ігноруєте використання декількох папок tree?