Я хотів би запустити інтерактивну роботу R на сервері. Я також хотів би включити перенаправлення X11, щоб я міг переглядати свої графіки. Однак у мене виникають проблеми. Мій ноутбук - Mac OS 10.9.4.
Тоді я спробував ssh -X для хоста
bsub -J Rlive -Is -XF -M 50000 -R "select [(mem >16000)]"
І тепер я отримую цю помилку:
-bash-4.1$ bsub -J Rlive -Is -XF -M 50000 -R "select [(mem >16000)]" R
Job <562564> is submitted to default queue <medium_priority>.
<<ssh X11 forwarding job>>
<<Waiting for dispatch ...>>
waller@10.11.123.17's password:
Sep 1 11:54:29 2015 26918 3 7.06 xagent main: initenv_() failed.
Моя змінна DISPLAY здається чудовою.
-bash-4.1$ echo $DISPLAY
localhost:15.0
чи є щось спільне з Xauth?
Будь-яка допомога вдячна.
Дякую
Дякую за пропозицію про налагодження, ось що я отримую:
waller@submaster:~>bsub -J Rlive -Is -XF -M 50000 -R "select [(mem >16000)]" R
Job <562888> is submitted to default queue <medium_priority>.
<<ssh X11 forwarding job>>
<<Waiting for dispatch ...>>
Sep 1 21:26:12 2015 33277 7 7.06 nios/main(): Nios running in standalone mode
Sep 1 21:26:12 2015 33277 7 7.06 nios/main(): Nios running in sbdMode mode
Sep 1 21:26:15 2015 33277 7 7.06 nios/acceptCallBack(): jobId 562888 opCode 562888
Sep 1 21:26:15 2015 33277 7 7.06 nios/acceptCallBack(): niosExecSSH(ssh -X -n 10.11.123.63 /opt/lsf/7.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin/xagent /opt/lsf/7.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc 28918..)
<<Waiting for xagent to report remote DISPLAY on 10.11.123.63. Press Ctrl+C to terminate ...>>
Sep 1 21:26:15 2015 33277 7 7.06 niosExecSSH: Final cmdLine: ssh -X -n 10.11.123.63 /opt/lsf/7.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin/xagent /opt/lsf/7.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc 28918 submaster 42107 /usr/share/lsf/conf
Sep 1 21:26:15 2015 33313 7 7.06 niosExecSSH: about to launch ssh -X -n 10.11.123.63 /opt/lsf/7.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin/xagent /opt/lsf/7.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc 28918 submaster 42107 /usr/share/lsf/conf
Sep 1 21:26:15 2015 33313 7 7.06 niosExecSSH: sshPathName = ssh
Sep 1 21:26:15 2015 33313 7 7.06 niosExecSSH: sshArgs[0] = ssh
Sep 1 21:26:15 2015 33313 7 7.06 niosExecSSH: sshArgs[1] = -X
Sep 1 21:26:15 2015 33313 7 7.06 niosExecSSH: sshArgs[2] = -n
Sep 1 21:26:15 2015 33313 7 7.06 niosExecSSH: sshArgs[3] = 10.11.123.63
Sep 1 21:26:15 2015 33313 7 7.06 niosExecSSH: sshArgs[4] = /opt/lsf/7.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin/xagent
Sep 1 21:26:15 2015 33313 7 7.06 niosExecSSH: sshArgs[5] = /opt/lsf/7.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc
Sep 1 21:26:15 2015 33313 7 7.06 niosExecSSH: sshArgs[6] = 28918
Sep 1 21:26:15 2015 33313 7 7.06 niosExecSSH: sshArgs[7] = submaster
Sep 1 21:26:15 2015 33313 7 7.06 niosExecSSH: sshArgs[8] = 42107
Sep 1 21:26:15 2015 33313 7 7.06 niosExecSSH: sshArgs[9] = /usr/share/lsf/conf
The authenticity of host '10.11.123.63 (10.11.123.63)' can't be established.
RSA key fingerprint is 97:14:a7:a9:76:ba:8d:3a:5f:0a:ff:01:4a:8d:b2:ff.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? yes
Warning: Permanently added '10.11.123.63' (RSA) to the list of known hosts.
waller@10.11.123.63's password:
Sep 1 21:26:29 2015 28928 3 7.06 xagent main: initenv_() failed.
Sep 1 21:26:29 2015 33277 7 7.06 niosExecSSH: ssh -X -n 10.11.123.63 /opt/lsf/7.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin/xagent /opt/lsf/7.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc 28918 has exited.
Sep 1 21:26:29 2015 33277 3 7.06 nios/acceptCallBack(): niosExecSSH() failed.
Sep 1 21:26:29 2015 33277 7 7.06 kill_self(): Nios kill_self, exit_sig=0 exit_stat=-1
спасибі - я додав вихід для запуску в режимі налагодження вище
—
user2814482
Хм .. Це не надало корисної інформації. Загальна причина
—
Майкл Клоссон
initenv_()
відмови є те , що окр варов LSF_ENVDIR
, LSF_CONFDIR
або LSF_SERVERDIR
змінені або втратив в xagent
навколишньому середовищі «s. Чи можливо, що ssh або оболонка (.bashrc тощо) змінює їх?
Чи увімкнено EGO у вашому кластері? (тобто, яке значення параметра
—
Майкл Клоссон
LSF_ENABLE_EGO
в lsf.conf
?)
-bash-4.1 $ echo $ LSF_ENVDIR / usr / share / lsf / conf -bash-4.1 $ echo $ LSF_CONFDIR -bash-4.1 $ echo $ LSF_SERVERDIR /usr/share/lsf/7.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64 / etc
—
user2814482
lsf.conf
, просто встановіть змінні середовища в тій же оболонці, що і виbsub
.